Ο Χριστόφορος Μηλιώνης γεννήθηκε στο Περιστέρι της επαρχίας Πωγωνίου των Ιωαννίνων, γιος δασκάλου. Στη γενέτειρά του τέλειωσε το δημοτικό σχολείο. Κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής το χωριό του κάηκε από τους γερμανούς. Η οικογένειά του αναγκάστηκε να μετακινηθεί και κατά τη διάρκεια του εμφυλίου, κι έτσι ο Μηλιώνης φοίτησε στο γυμνάσιο της Πωγωνιανής (1942-1947) και στη Ζωσιμαία Σχολή (1947-1950).

Σπούδασε στο τμήμα κλασικής φιλολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (1950-1955) και από το 1957 ως το 1959 υπηρέτησε τη στρατιωτική του θητεία με το βαθμό του Βοηθητικού Γραφέα στην Τρίπολη και τα Γιάννενα. Εργάστηκε ως καθηγητής αρχικά σε διάφορα σχολεία της Ηπείρου και στη συνέχεια στο Γυμνάσιο Αμμοχώστου στην Κύπρο (1960-1964), ενώ από το 1977 ως το 1980 υπήρξε γυμνασιάρχης σε σχολεία των νομών Αγρινίου, Βοιωτίας, Σαλαμίνας και Αττικής. Διετέλεσε επίσης Σχολικός Σύμβουλος Δυτικής Αττικής. Ταξίδεψε σε πολλές χώρες της Ευρώπης, της μέσης Ανατολής και των Βαλκανίων.

Παντρεύτηκε την καθηγήτρια στο τμήμα Γαλλικής Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών Τατιάνα Τσαλίκη με την οποία απέκτησε μια κόρη. Πήρε μέρος στην έκδοση των περιοδικών Ενδοχώρα και Δοκιμασία των Ιωαννίνων και συνεργάστηκε με περιοδικά όπως τα Η λέξη, Αντί, Νέα Πορεία, Κυπριακά Χρονικά, Το δέντρο, Χάρτης, Γράμματα και τέχνες, καθώς επίσης με τη Φιλολογική Καθημερινή που επιμελήθηκε ο Αλέξανδρος Κοτζιάς. Ασχολήθηκε επίσης με μεταφράσεις από τα αρχαία ελληνικά και τα λατινικά, ενώ υπήρξε μέλος της συντακτικής ομάδας των Κειμένων Νεοελληνικής Λογοτεχνίας για τους μαθητές του Γυμνασίου και Λυκείου. Τιμήθηκε με το πρώτο κρατικό βραβείο διηγήματος (1986 για τη συλλογή Καλαμάς και Αχέροντας) και διετέλεσε ιδρυτικό μέλος της Εταιρείας Συγγραφέων και του Διοικητικού Συμβουλίου της. Έργα του μεταφράστηκαν στα ρωσικά, τα γερμανικά, τα ιταλικά, τα γαλλικά, τα ουγγρικά και τα ολλανδικά.

Ο Χριστόφορος Μηλιώνης ανήκει στους έλληνες πεζογράφους της μεταπολεμικής γενιάς. Την πρώτη του εμφάνιση στο χώρο της λογοτεχνίας πραγματοποίησε το 1954 με τη δημοσίευση του διηγήματός του Το δίκανο στο περιοδικό Ηπειρωτική Εστία και το 1961 εξέδωσε το πρώτο του βιβλίο, τη συλλογή διηγημάτων Παραφωνία.

Ο αφηγηματικός λόγος του συνδυάζει στοιχεία της παραδοσιακής και νεωτερικής γραφής, ενώ θεματολογικά κινείται σταθερά γύρω από τον ίδιο άξονα, αποτέλεσμα δημιουργικού συγκερασμού βιωματικών και αυτοβιογραφικών στοιχείων του συγγραφέα με στοιχεία του πολιτικού και κοινωνικού προβληματισμού του.