Σπούδασε στο Παρίσι (1956-1961), αρχιτεκτονική και διακόσμηση εσωτερικών χώρων, και ζωγραφική. Η πρώτη του ατομική έκθεση έγινε στη Σουηδία (1969, Sôdertalje Konsthal). Δίδαξε στο Βερολίνο και στο Παρίσι, όπου εγκαταστάθηκε το 1973. Παρουσίασε την πρώτη του ατομική έκθεση στην Ελλάδα το 1971, μέσα στην δικτατορία των συνταγματαρχών, στο Ινστιτούτο Γκαίτε, στην Αθήνα. Η έκθεση του είχε λειτουργήσει σαν μια τολμηρή παρέμβαση σε καλλιτεχνικό και πολιτικό επίπεδο.

Το έργο του Κωνσταντίνου Ξενάκη βρίσκεται σε διάλογο με το πολιτιστικό παρελθόν, η προσωπική του ποιητική σημειολογία δανείζεται στοιχεία από τη σύγχρονη ζωή, αλλά και από συστήματα γραφής παλιών πολιτισμών.

Ήδη πριν το τέλος της δεκαετίας του 1960 είχε ξεκινήσει την ενασχόλησή του με το κατεξοχήν χαρακτηριστικό θέμα της ώριμης δουλειάς του: τους κώδικες, τα σημεία και τα σύμβολα που μεταφέρουν μηνύματα και ορίζουν τρόπους επικοινωνίας. Ο κόσμος των ιερογλυφικών, το φοινικικό και το ελληνικό αλφάβητο αλλά και το ιαπωνικό και το λατινικό διαμορφώνουν την προσωπική εκφραστική του γλώσσα.

Από τα μέσα της δεκαετίας του 1990 οι επισκέψεις του στην Ελλάδα πυκνώνουν και, βαθμιαία, αρχίζει να μοιράζει το χρόνο του μεταξύ Παρισιού και Αθήνας. Το 1996, τιμώντας την αιγυπτιώτικη καταγωγή του, παρουσιάζει στην Αλεξάνδρεια και στο Κάιρο αναδρομική έκθεση με τίτλο Η Επιστροφή του Καλλιτέχνη, 1958-1996.

Στην Ελλάδα εκθέτει σε τρία μέρη την αυτοβιογραφική σειρά με τίτλο Το βιβλίο της ζωής (1995, 1997, 2003), ενώ το 2003 γίνεται και αναδρομική παρουσίαση έργων του της τελευταίας εικοσαετίας (Κ.Μ.Σ.Τ., Θεσσαλονίκη).

Στα ελληνικά έχουν κυκλοφορήσει δύο μονογραφίες για το έργο του, το 1995 και το 2009.