Μετά την επιβολή του εν λόγω φόρου και του πρόσθετου φόρου η τράπεζα προσέφυγε στην Διοικητική Δικαιοσύνη.

Το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο έκρινε ότι κατά την έννοια της διάταξης του άρθρου 13 του ΚΦΕ, όπως ίσχυε κατά τη επίδικη χρήση του 2009, ερμηνευόμενη υπό το φως, αφενός, των αναφερόμενων στις αιτιολογικές εκθέσεις των νόμων 2553/1999 και 3522/2006 και, αφετέρου, των διατάξεων των άρθρων 4 και 78 του Συντάγματος, «υπόκειται σε φόρο εισοδήματος η προσαύξηση της περιουσίας που πηγάζει από την πώληση μετοχών ημεδαπών ανώνυμων εταιρειών μη εισηγμένων στο Χρηματιστήριο Αθηνών, ήτοι το κέρδος που προσπορίζεται ο πωλών τις μετοχές από τη μεταβίβαση αυτή, ενόψει της υπεραξίας τους».

Στην συνέχεια το ΣτΕ αποφάνθηκε ότι «η επιβολή φόρου εισοδήματος, κατά την εν λόγω διάταξη, προϋποθέτει κερδοφόρα πώληση, είναι δε διάφορο το ζήτημα του τρόπου υπολογισμού και φορολόγησης της σχετικής περιουσιακής προσαύξησης».

Κατόπιν αυτών, συνεχίζει το ΣτΕ, «έπεται ότι, αν η πώληση τέτοιων μετοχών είναι ζημιογόνα για τον πωλητή, δεν γεννάται φορολογική οφειλή, βάσει του άρθρου 13 παρ. 2 του ΚΦΕ, ο δε καταβληθείς φόρος πρέπει είτε να επιστραφεί στον πωλητή είτε να συμψηφιστεί με το φόρο εισοδήματος που αυτός τυχόν οφείλει για την ίδια χρήση».