Ιανουάριο του 1868 υπογράφεται ο Οργανικός Νόμος (διοικητικός κανονισμός), ο οποίος παραχωρούσε μερικά προνόμια στους χριστιανούς, όπως η χορήγηση αμνηστίας στους επαναστάτες, η θεσμοθέτηση φορολογικών ελαφρύνσεων, η συμμετοχή των χριστιανών σε διοικητικές θέσεις, όπως και στη σύνθεση των δικαστηρίων και η ισοτιμία της ελληνικής γλώσσας με την τουρκική στην επίσημη διοίκηση.
Σύμβαση Χαλέπας: Σαν σήμερα η Κρήτη έγινε «ημιαυτόνομη»
Η Κρήτη για μια δεκαετία (1868-1877) διοικούνταν με βάση τις διατάξεις αυτού του Οργανικού Νόμου, τον οποίο διαρκώς παραβίαζαν οι μουσουλμάνοι του νησιού και επιδίωκαν την κατάργησή του. Το 1877 επικρατούσε επαναστατικός αναβρασμός, ο οποίος ενισχύθηκε από την έκρηξη του Ρωσοτουρκικού πολέμου.
Ιδρύθηκαν τρία επαναστατικά κομιτάτα, στο Βάμο, στα Χανιά και στο Ρέθυμνο, ενώ μέχρι τον Ιανουάριο του 1878 η επανάσταση είχε επεκταθεί σε όλο το νησί. Συγκρότησε την «Παγκρήτιο Επαναστατική Επιτροπή» στο Φρε Αποκορώνου, έχοντας εξασφαλίσει την υποστήριξη της Αθήνας και του πρωθυπουργεύοντος Χαρίλαου Τρικούπη (27 Δεκεμβρίου 1877).Μετά την ήττα της Τουρκίας στον πόλεμο με τη Ρωσία οι Μεγάλες Δυνάμεις, κατά το Συνέδριο του Βερολίνου στις 13 Ιουνίου 1878, υποχρέωσαν το Σουλτάνο να εφαρμόσει τον Οργανικό Νόμο του 1868.
Στα μέσα Αυγούστου του 1878 η Τουρκία κατά σύσταση της Αγγλίας έστειλε δυο απεσταλμένους στην Κρήτη, τον Γαζή Αχμέτ Μουχτάρ Πασά και τον Σελήν Εφέντη, οι οποίοι μαζί με τον Γενικό Διοικητή Κρήτης Κωστή Αδοσίδη Πασά και τον Άγγλο Πρόξενο στα Χανιά Σάνδουιθ έπειθαν τη Γενική Συνέλευση των Κρητών να υποδείξει αντιπροσώπους για συνομιλίες, με αντικείμενο την τροποποίηση του περίφημου Οργανικού Νόμου του 1868.
Η Τουρκία, μετά από υπόδειξη της Αγγλίας, και ύστερα από σκληρές διαπραγματεύσεις που διήρκησαν 2 μήνες δέχθηκε να υπογράψει στις 3 Οκτώβριου του 1878 τη Σύμβαση της Χαλέπας, στο ομώνυμο προάστιο των Χανίων, η οποία παραχωρούσε στην Κρήτη ημιαυτονομία και νέα πιο φιλελεύθερα προνόμια. Η Σύμβαση επικυρώθηκε με σουλτανικό φιρμάνι στις 9 Νοεμβρίου 1878. Ο σουλτάνος διόρισε βαλή της Κρήτης τον ελληνικής καταγωγής χριστιανό αξιωματούχο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, Ισκεντέρ Πασά (Αλέξανδρο Καραθεοδωρή).
Ντεγκρέτσια: Η αμηχανία ενός επώνυμου με ονομασία προέλευσης... - Η μακρά ιστορία από την αρχή
Η Σύμβαση αποτελούνταν από 16 άρθρα και 6 ειδικές διατάξεις. Οι κυριότερες διατάξεις της είναι οι ακόλουθες:
- Ο Γενικός Διοικητής Κρήτης θα μπορούσε να είναι και Χριστιανός και η θητεία του οριζόταν για πέντε χρόνια με δυνατότητα όμως ανανέωσης.
- Ο Γενικός Διοικητής θα είχε και ένα σύμβουλό του από το αντίθετο θρήσκευμα
- Οι Χριστιανοί Πληρεξούσιοι στη Γενική Συνέλευση ορίζονταν σε 49 έναντι 31 Μουσουλμάνων.
- Ιδρυόταν Κρητική Χωροφυλακή.
- Αναγνωριζόταν η Ελληνική ως επίσημη γλώσσα των δικαστηρίων και της Γενικής Συνέλευσης. Μόνο τα επίσημα πρακτικά, οι αποφάσεις των δικαστηρίων και η επίσημη αλληλογραφία θα συντάσσονταν και στις δύο γλώσσες.
- Για να επικρατήσουν ειρηνικές συνθήκες διαβίωσης, δόθηκε γενική αμνηστία.
- Προβλεπόταν προσωρινή απαλλαγή από ορισμένους φόρους.
- Επιτρεπόταν η ίδρυση Φιλολογικών Συλλόγων και η έκδοση εφημερίδων.
Τη συμφωνία υπέγραψαν από Οθωμανικής πλευράς ο Bαλής της Κρήτης (γενικός διοικητής) Κωστάκης Αδοσίδης Πασάς, ο στρατηγός Μουχτάρ Πασάς και ο Σελίμ Εφέντι, ενώ από χριστιανικής πλευράς οι εκπρόσωποι της «Παγκρητίου Επαναστατικής Επιτροπής», Γεώργιος Παπαδοπετράκης, Κωσταρός Βολουδάκης, Ιωάννης Σφακιανάκης, Χαρίλαος Ασκούτσης, Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, Αντώνιος Μιχελιδάκης, Ζ. Θειακάκης, Κυριάκος Χατζηδάκης, Στυλιανός Σταυρούδης, Αντώνιος Σήφακας και Α. Μενεγίδης.
Χωρίς αμφιβολία η Σύμβαση της Χαλέπας απείχε πολύ από τους στόχους που είχαν θέσει οι Κρητικοί, όταν άρχιζαν τον ένοπλο αγώνα τους. Παρόλο που το νέο κείμενο δεν παραχωρούσε καθεστώς αυτονομίας ούτε διασφάλιζε τους Χριστιανούς στη διοίκηση ανάλογα με την αριθμητική τους ισχύ, εντούτοις αποτελούσε ένα θετικό βήμα προς τη σταδιακή διαμόρφωση ενός καθεστώτος αυτοδιοίκησης.
Σύμβαση Χαλέπας
Μετά την εφαρμογή της Σύμβασης της Χαλέπας και την ψήφιση 16, συνολικά νόμων, ανάμεσα στους οποίους ήταν ο δημοτικός, ακολούθησε περίοδος έντονων κομματικών αντιπαραθέσεων, καθώς τότε ιδρύθηκαν τα πρώτα κόμματα. Υπήρξαν αμέτρητες διαμάχες μεταξύ τους οι οποίες κορυφώθηκαν και κατέληξαν στην ανεπιτυχή και χωρίς σχεδιασμό επανάσταση του 1889, που έδωσε την αφορμή στην Τουρκία να ανακαλέσει τη Σύμβαση της Χαλέπας και να εφαρμόσει μια σκληρή πολιτική διώξεων σε βάρος του χριστιανικού πληθυσμού.