«Η θρησκευτική ουδετερότητα δεν είναι νομικός όρος, δηλαδή δεν υπάρχει αποτυπωμένος στο Σύνταγμα. Μπορεί να εξειδικευτεί, αν σκεφτούμε τις σχέσεις κράτους-εκκλησίας από τη μία και από την άλλη την θρησκευτική ελευθερία» λέει η κ. Φουντεδάκη στον ΣΚΑΙ και επισημαίνει πως η ανεξιθρησκεία είναι κάτι διαφορετικό διότι αφορά «τη σχέση του ανθρώπου με το κράτος, με το ένα να είναι αδιάφορο για το άλλο».

Τι σημαίνει θρησκευτική ελευθερία; Σύμφωνα με την κ. Φουντεδάκη: «σημαίνει το κράτος να φροντίζει για να ικανοποιούνται τα αιτήματα των θρησκευόμενων, ανεξαρτήτως θρησκεύματος. Η θρησκεία πρέπει να είναι αναγνωρισμένη, όχι λόγου χάρη σατανιστές».

Η θρησκευτική ελευθερία, σύμφωνα με την κ. Φουντεδάκη «είναι το δικαίωμα που έχει το άτομο οποιουδήποτε θρησκεύματος, να το βοηθά το κράτος για να πιστεύει, να ασκεί τη λατρεία του». Σύμφωνα με την ίδια, «η θρησκεία δεν είναι ιδιωτική αλλά δημόσια υπόθεση και όταν μιλάμε για θρησκευτική ελευθερία, μιλάμε για δημόσιο χώρο».

Αναφορικά με το ελληνικό Σύνταγμα, σύμφωνα με την κ. Φουντεδάκη, υπάρχει το «αγκάθι» στο άρθρο 13 το οποίο αναφέρει ότι απαγορεύεται ο προσηλυτισμός και «ένα κομμάτι της θρησκευτικής ελευθερίας είναι να έχω τη δυνατότητα να μπορώ να σε πείσω να ακολουθήσεις τη δική μου θρησκεία».

Αναφορικά με τις σχέσεις Κράτους-Εκκλησίας, σε κάθε χώρα είναι διαφορετικές και πρόκειται «για ένα τεράστιο κομμάτι κουλτούρας και εθνικής εξέλιξης». Για παράδειγμα «η Ισπανία και η Ιταλία έχουν συμφωνίες με τις εκκλησίες ενώ στις σκανδιναβικές χώρες υπάρχουν εθνικές εκκλησίες».

Σύμφωνα με την κ. Φουντεδάκη, «στον βαλκανικό χώρο έχουμε μεγάλη ένταση στη σχέση της Εκκλησίας με την εθνική ελευθερία λόγω του παρελθόντος. Στα Βαλκάνια, τα ορθόδοξα κράτη, το κάθε κράτος, έχει εθνική εκκλησία που είναι συνδεδεμένη με την εθνική ταυτότητα. Στο παρελθόν όταν όλα μαζί ήταν κομμάτι της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, ήταν θρησκευτικές κοινότητες».

Άρα το συμπέρασμα είναι πως «η ορθόδοξη εκκλησία είναι στέρεα συνδεδεμένη στα Βαλκάνια με το κράτος».

Για την πρόταση του ΣΥΡΙΖΑ και τη θρησκευτική ουδετερότητα, η κ. Φουντεδάκη είπε πως «αντιπροσωπεύει τρία διαφορετικά συστήματα στις σχέσεις Κράτους-Εκκλησίας. Στην Ευρώπη η θρησκευτική ουδετερότητα υπάρχει σε τρεις μορφές:

1. Απόλυτος διαχωρισμός Κράτους-Εκκλησίας όπως στη Γαλλία. Πρόκειται για τον σκληρό πυρήνα του κοσμικού κράτους που δεν αποδέχεται την παραμικρή σχέση με την εκκλησία. Πρόκειται για ένα ιστορικά μοναδική μοντέλο.
2. Απόλυτη σύνδεση Κράτους-Εκκλησίας. Το συγκεκριμένο μοντέλο ακολουθούν η Βρετανία και η Δανία
3. Μερικός διαχωρισμός Κράτους-Εκκλησίας. Το συγκεκριμένο μοντέλο ακολουθείται στη Γερμανία και σύμφωνα με την κ. Φουντεδάκη προς τα εκεί τείνει η πρόταση του ΣΥΡΙΖΑ.