Ηταν τότε που η Σάμος κατέστη ελεύθερη για δύο περίπου μήνες, μεταξύ της αποχώρησης των Ιταλών και της εισβολής των Γερμανών. Στο διάστημα αυτό, ο Σάμου Ειρηναίος, συνεχίζοντας την παράδοση της
Εθναρχούσας Εκκλησίας, πέτυχε τη συνεργασία των Ιερολοχιτών και της κυβέρνησης, που βρισκόταν στην Αίγυπτο, με τις αντάρτικες ομάδες που δρούσαν στο νησί.

Ο Γιώργος Κ. Αγγελινάρας γράφει σχετικά στα «Σαμιακά Ανάλεκτα» (Εκδ. Απόπλους, Ιανουάριος 2023, σελ. 112): «Η σωφροσύνη και το κύρος του Ειρηναίου συνετέλεσαν ώστε να δημιουργηθεί στη Σάμο αρραγές πατριωτικό μέτωπο και να αποφευχθούν δυσάρεστες και επικίνδυνες καταστάσεις». Στην αρχή ο μητροπολίτης αρνήθηκε, αλλά ο υποστράτηγος
Αρνολντ (ακόλουθος της Αγγλικής Πρεσβείας στην Αγκυρα) τον έπεισε λέγοντάς του ότι είναι αναντικατάστατος, «διότι ο σαμιακός λαός τον εμπιστεύεται, διαθέτει κύρος έναντι των ανταρτών και αποτελεί εγγύηση ότι θα καθοδηγεί αντάρτες και λαό με τρόπο που ικανοποιεί το αίσθημα ασφαλείας» (Νικολάου Π. Σοϊλεντάκη «1943», Εκδ. «Αρμός», σελ. 198).

Ο μητροπολίτης Σάμου ήταν πολυτάλαντος. Συνδύαζε βαθιά πίστη, εκκλησιαστική παιδεία, ικανότητες στη διοίκηση, σημαντικό ιεραποστολικό έργο και γνώση της χριστιανικής φιλοσοφίας. Μετέφρασε στα ελληνικά δύο από τα σημαντικότερα έργα του Ρώσου εμιγκρέ χριστιανού φιλοσόφου Νικολάι Μπερντιάγιεφ, το «Πνεύμα και Ελευθερία» και το «Περί του προορισμού του ανθρώπου – Δοκίμιον παραδόξου ηθικής».

Στον πρόλογο του εκδοθέντος το 1950, από την Αποστολική Διακονία της Εκκλησίας της Ελλάδος, βιβλίου του Μπερντιάγιεφ περί του προορισμού του ανθρώπου, ο Σάμου Ειρηναίος διατυπώνει την άποψή του ως χριστιανού περί των ανθρωπίνων συστημάτων διαχείρισης των κοινών. Σημειώνει: «Η χριστιανική θρησκεία δεν δύναται να συμβιβασθή προς ουδεμίαν θεωρίαν ή κοινωνικήν οργάνωσιν εφ’ όσον εντός αυτών ο άνθρωπος παραθεωρείται ως
πνεύμα, ως ελευθερία, ως πρόσωπον. Δεν θα έπρεπε ποτέ να γίνη ο άνθρωπος, η εικών του Θεού, αντικείμενον εκμεταλλεύσεως, είτε εκ δεξιών είτε εξ αριστερών, εις οιονδήποτε τρόπον διοικήσεως» (Σελ. 18).

Ο τόπος γεννήσεως του Σάμου Ειρηναίου ήταν το Κατιρλί της Βιθυνίας, απέναντι από τα Πριγκηπόνησα. Φοίτησε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης και υπηρέτησε ως διάκονος του Πατριάρχη Ιωακείμ Γ’. Το 1913 εξελέγη μητροπολίτης Δαρδανελίων και Λαμψάκου. Το 1926 εξελέγη μητροπολίτης Σάμου. Το 1957, ο Δήμος Σαμίων, για την 30ετή ποιμαντορική δράση του, απένειμε στον ιεράρχη το χρυσό μετάλλιο της πόλεως, επειδή «χάρις εις το εξαίρετον ήθος του, την βαθείαν και όλως διακεκριμένην μόρφωσίν του και την συγγραφικήν του δράσιν ετίμησε το σαμιακόν όνομα…».

Είναι λυπηρό πως η ευφυής και ταλαντούχα λογοτέχνις Αλκη Ζέη, στο πολυδιαβασμένο βιβλίο της «Το καπλάνι της βιτρίνας», αποκαλεί «τράγο» τον δεσπότη Ειρηναίο. Πιθανόν από κακή πληροφόρηση και όχι από ιδεολογικό φανατισμό.