Όπως αναφέρει η Καθημερινή, σε περίπτωση που δεν υπάρξουν ανατροπές της τελευταίας στιγμής στον κυβερνητικό σχεδιασμό, η αρμοδιότητα της πρόληψης και αντιμετώπισης ηλεκτρονικών επιθέσεων μεταβιβάζεται από την ΕΥΠ στο νέο υπουργείο Ψηφιακής Πολιτικής, υπό τον Νίκο Παππά.
Σχετική πρόβλεψη υπήρχε αρχικά στο νόμο για τη σύσταση Γ.Γ. Ψηφιακής Πολιτικής. Ψηφίστηκε μαζί με άλλα προαπαιτούμενα τον περασμένο Μάιο. Το άρθρο 2 του σχετικού νόμου προέβλεπε ότι «η Γενική Γραμματεία Ψηφιακής Πολιτικής ορίζεται ως Εθνική Αρχή Αντιμετώπισης Περιστατικών Παραβίασης Ασφάλειας Πληροφοριακών Συστημάτων (Εθνικό CERT) και συνεργάζεται προς τούτο με τις ανάλογες υπηρεσίες του υπουργείου Εθνικής Άμυνας και Προστασίας του Πολίτη». Η μεταφορά αρμοδιοτήτων της ΕΥΠ στη νέα κυβερνητική «δομή» ολοκληρώθηκε με την υπογραφή, παραμονές του ανασχηματισμού, του Προεδρικού Διατάγματος για τη σύσταση υπουργείου Ψηφιακής Πολιτικής. Και αυτό διότι στο σχετικό Π.Δ. αναφέρεται ρητά ότι το σύνολο των αρμοδιοτήτων της Γενικής Γραμματείας μεταφέρεται στο υπό σύσταση υπουργείο. Στο πρόσφατο παρελθόν (Αύγουστος 2015), η Εθνική Αρχή Αντιμετώπισης Ηλεκτρονικών Επιθέσεων της ΕΥΠ είχε ερευνήσει υπόθεση υποκλοπής των emails 15.000 Ελλήνων πολιτών. Τον Δεκέμβριο του ίδιου έτους, αντίστοιχα, είχε τεθεί επικεφαλής έρευνας για επιθέσεις της ομάδας χάκερ «Armada Collective» σε πιστωτικά ιδρύματα της χώρας.

Σύμφωνα με μια εκδοχή, η μεταφορά αρμοδιοτήτων από την ΕΥΠ στο νέο υπουργείο θα λύσει προβλήματα συνεργασίας με συναρμόδιους φορείς που ανέκυπταν λόγω του «ειδικού» χαρακτήρα της υπηρεσίας. Ωστόσο, σύμφωνα με την Καθημερινή, αρκετοί εκφράζουν επιφυλάξεις για την αποτελεσματικότητα του νέου «σχήματος» επισημαίνοντας ότι, σύμφωνα με τη διεθνή πρακτική, οι μυστικές υπηρεσίες αποτελούν την Εθνική Αρχή Αντιμετώπισης Ηλεκτρονικών Επιθέσεων.