Ο Χρήστος Μαρκόπουλος το 1963 ήρθε σε επαφή με τον Ανδρέα Παπανδρέου και συνεργάστηκαν μέχρι το στρατιωτικό πραξικόπημα. Το 1975 εκλέχθηκε στην Κεντρική Επιτροπή του ΠΑΣΟΚ και διετέλεσε γραμματέας των Κλαδικών Οργανώσεων Επιστημόνων και Καλλιτεχνών. Το 1978 έγινε μέλος της Συντονιστικής Γραμματείας του ΠΑΣΟΚ και το 1980 γραμματέας της Επιτροπής για την Παγκόσμια Ειρήνη και τα Ανθρώπινα Δικαιώματα (ΕΠΕΑΔ).

Το 1981 ίδρυσε την ΚΕΑΔΕΑ (Κίνηση για την Ειρήνη, τα Ανθρώπινα Δικαιώματα και την Εθνική Ανεξαρτησία), της οποίας διετέλεσε πρόεδρος επί μία εικοσαετία. Το 1981 παραιτήθηκε από τον Δημόκριτο και εκλέχθηκε ευρωβουλευτής του ΠΑΣΟΚ.

Διορίστηκε, το 1984, πρέσβης εκ προσωπικοτήτων και το 1985 εκλέχθηκε βουλευτής Επικρατείας του ΠΑΣΟΚ. Το 1986 ανέλαβε αρχηγός της ελληνικής Κοινοβουλευτικής Ομάδας στο Συμβούλιο της Ευρώπης, όπου και εκλέχθηκε αντιπρόεδρος της Κοινοβουλευτικής του Συνέλευσης. Τον Ιούνιο του 1988 εισήλθε στην κυβέρνηση του Ανδρέα Παπανδρέου ως υπουργός Άνευ Χαρτοφυλακίου, υπεύθυνος για τους διεθνείς οργανισμούς, μέχρι τον Ιούλιο του 1989.

Τα συλλυπητήρια του Νίκου Βούτση

Ο πρόεδρος της Βουλής, Νίκος Βούτσης, σε δήλωσή του εξέφρασε τα θερμά του συλλυπητήρια για την απώλεια του διακεκριμένου επιστήμονα.

«Έφυγε από τη ζωή ο σπουδαίος Έλληνας πυρηνικός χημικός, πανεπιστημιακός και πολιτικός, Χρήστος Μαρκόπουλος. Καθ’ όλη τη διάρκεια της ζωής του επέδειξε πολυσχιδή δράση τόσο στον τομέα των πανεπιστημιακών ανακαλύψεων όσο και στην πολιτική ζωή του τόπου, με τους αγώνες του κατά της Δικτατορίας και υπέρ της Δημοκρατίας και της Ειρήνης, απ’ όλες τις θέσεις ευθύνης στις οποίες υπηρέτησε. Στους οικείους του εκφράζω τα ειλικρινή μου συλλυπητήρια».