Δύο ήσαν οι αρχικοί πυρήνες, οι οποίοι μάλιστα ήσαν ασύνδετοι μεταξύ τους. Ο ένας πυρήνας εμφανίσθηκε στη Μυτιλήνη με επικεφαλής τον Στυλιανό Γονατά και ο άλλος πυρήνας ήταν στη Χίο με επικεφαλής τον Νικόλαο Πλαστήρα. Μάλιστα, ο Ν. Πλαστήρας προετοιμαζόταν για επανάσταση από αρκετό καιρό. Στην πορεία οι δύο αυτοί πυρήνες, της Χίου και της Μυτιλήνης, συνδέθηκαν μεταξύ τους και αφού προσεταιρίσθησαν και τη δύναμη του στόλου, εξεδήλωσαν την πρόθεσή τους για επανάσταση. Τότε οι φίλοι τους στην Αθήνα και στη Θράκη έσπευσαν να ενισχύσουν την προσπάθειά τους και δήλωσαν την αμέριστη συμπαράστασή τους. Μάλιστα, ο εκ των ηγετών της επανάστασης, Στ. Γονατάς, περιγράφοντας τα γεγονότα υπεστήριζε ότι γενικώς επικρατούσε ένας μεγάλος αναβρασμός στον ελληνικό στρατό. Επικρατούσε η εντύπωση ότι η κυβέρνηση εγνώριζε τα συμβαίνοντα στο στράτευμα και γι’ αυτό κρατούσε το στρατό μακριά από την παλιά Ελλάδα.  Και αφού αναφέρει διάφορα περιστατικά που αποδεικνύουν την αντίθεση του στρατού προς την κυβέρνηση, προσθέτει: «Μία κίνησις αξιωματικών, μάλλον συνωμοτική, είχε αρχίσει τελευταίως εις την Μικράν Ασίαν, διευθυνόμενη υπό του συνταγματάρχου Νικολάου Πλαστήρα, ήτις από της αποβιβάσεώς της εις Χίον είχε λάβει μεγάλην έκτασιν».

Αλλά και στον ίδιο τον Στυλιανό Γονατά, όπως ο ίδιος αφηγείται, προ της αποβιβάσεώς του στη Μυτιλήνη, δύο φορές του είχαν γίνει προτάσεις για να ηγηθεί επαναστάσεως. Βέβαια, ο ίδιος ο Στ. Γονατάς εδίσταζε να ηγηθεί μιας τέτοιας επανάστασης, φοβούμενος μήπως προκαλέσει ζημιές στον τόπο και υπεστήριζε ότι εάν γίνει επανάσταση δεν θα έπρεπε αυτή να λάβει μορφή «ούτε βενιζελική ούτε καθαρώς αντιβενιζελική, για να έχει το σύνολον του λαού μαζί της». Τελικά, ο Στυλιανός Γονατάς αποφάσισε να αποδεχθεί την ηγεσία της επανάστασης όταν επείσθη ότι θα εγίνετο και άνευ εκείνον «και θα απέληγεν ίσως κακώς, άνευ ενιαίας διευθύνσεως». Μεταξύ των όρων τους οποίους έθεσε σ’ αυτούς που τον πίεζαν να εκδηλωθεί, ήτο και η δήλωση των ευρισκομένων στη Χίο ότι θα τον ανεγνώριζαν ως αρχηγό οι πάντες, «μηδέ Πλαστήρα εξαιρουμένου».

Μετά τις ανωτέρω εξελίξεις και συγκεκριμένα την 11/24 Σεπτεμβρίου 1922, ο Στ. Γονατάς ενημερώθηκε για την πορεία της επαναστάσεως και όλοι των διαβεβαίωσαν ότι «όλα πάνε καλά» και ότι οι επαναστάτες ήσαν κατά το πλείστον κύριοι και του στόλου. Ηθελε όμως ο Στ. Γονατάς να βεβαιωθεί προσωπικά για τη στάση των επαναστατών της Χίου. Τότε, και συγκεκριμένα την 2 μ.μ. της ίδιας ημέρας, έλαβε τηλεγράφημα από τον συνταγματάρχη Ν. Πλαστήρα, ο οποίος ευρίσκετο στη Χίο και το οποίο απευθύνετο προς τον Στ. Γονατά «Αρχηγόν Επαναστατικού Κινήματος Χίου και Μυτιλήνης». Στο τηλεγράφημα αναφέροντο τα εξής: «Οι Μέραρχοι Πέτσας, Κουρουσόπουλος, Δέδες, Μεσσήνης και Ρόκας εδήλωσαν ότι ουδεμίαν έχοντες επιβολήν επί των Μεραρχιών των, ουδεμίαν αναλαμβάνουν ευθύνην, αλλά και δεν επιθυμώσι να αντιδράσωσιν. Οτι ο Μέραρχος Λούφας εθεώρη κατά την ώραν εκείνη επιβλαβή την επαναστατικήν ενέργειαν. Συνεπώς δεν συνεφώνει αλλά δεν αντέδρα. Οι υπόλοιποι Μέραρχοι, Γαρδίκας, Κοιμήσης και Πλαστήρας ως και ο αναλαβών την αρχηγίαν του στόλου Πετροπουλάκης, συνεφώνουν, αλλά εθεώρουν απαραίτητην προϋπόθεσιν επιτυχίας την αυθημερόν αναχώρησιν των ορισθησομένων τμημάτων. Είχε αρχίσει μάλιστα η επιβίβασις εις τα πλοία δυνάμεων των I και VII Μεραρχιών.

Υστερα από τις ανωτέρω εξελίξεις ήρθησαν όλοι οι ενδοιασμοί του Στυλιανού Γονατά και ήταν έτοιμος να προχωρήσει. Μάλιστα, μετά τη λήψη του τηλεγραφήματος και συγκεκριμένα την 11/24 Σεπτεμβρίου 1922, συνέταξε προκήρυξη προς τον ελληνικό λαό, τον πρόεδρο της Εθνοσυνέλευσης, τον βασιλέα, τον διάδοχον και τον πρόεδρο της κυβερνήσεως, όπου ανέφερε τα εξής: «Ο εν Μυτιλήνη και Χίο στρατός και στόλος, μοι ανέθηκε αυθορμήτως την ηγεσίαν αυτών, όπως διατυπώσω επ’ ονόματί των τας κάτωθι αξιώσεις, εν τη απολύτω πεποίθηση ότι εις ταύτας είναι σύμφωνος και ο υπόλοιπος στρατός και στόλος και ιδία ολόκληρος ο ελληνικός λαός, πλην ασημάντου μειοψηφίας, ουχί εξ ευγενών ελατηρίων αντιφρονούσης. Η σωτηρία της πατρίδος και μόνη επιβάλλει τας αξιώσεις ταύτας:

1. Παραίτησις του Βασιλέως χάριν της πατρίδος, υπέρ του Διαδόχου.
2. Αμεσος διάλυσις της Εθνοσυνελεύσεως.
3. Σχηματισμός κυβερνήσεως αχρόου εμπνεούσης εμπιστοσύνην εις Αντάντ, διά την ταχίστην και αμερόληπτον ενέργειαν εκλογών Εθνοσυνελεύσεως και την διαχείρισιν των εξωτερικών ζητημάτων, μέχρις ου ο λαός αποφασίσει τελικώς διά των εκλογών περί της τύχης του.
4. Αμεσος ενίσχυσις του Θρακικού μετώπου.

Ας επικρατήση και παρ’ ημίν ο αγνός πατριωτισμός προς αποσόβησιν αλληλοσπαραγμού και ταχυτέραν έναρξιν του έργου της εθνικής παλινορθώσεως, δι’ ης θα ανασταλή η πλήρως καταστροφή προς ην φερόμεθα και θα επιτευχθή η σωτηρία της πατρίδος».

Μετά τη σύνταξη της προκήρυξης και ασκώντας πλέον καθήκοντα αρχηγού της επαναστάσεως, ο Στ. Γονατάς  διέταξε την άμεση επιβίβαση σε πλοία της II Μεραρχίας, την αποστολή της V Μεραρχίας στη Θράκη και τη σύνθεση του τμήματος, το οποίο θα κατευθύνετο προς την Αθήνα. Το τμήμα αυτό ονομάσθηκε «Αποβατικόν Σώμα Καταλήψεως Αθηνών», τη διοίκηση του οποίου κρατούσε ο ίδιος. Πρέπει εδώ να επισημάνουμε ότι όλες οι ενέργειες εκείνης της ημέρας εκρατήθησαν μυστικές, απαγορευθείσης και της αποστολής δημοσιογραφικών τηλεγραφημάτων. Και όλα αυτά για να μην γνωσθεί πρόωρα το κίνημα στην Αθήνα. Η έλλειψη πλοίων επιβράδυνε την προετοιμασία και την αναχώρηση. Πάντως υπήρξε συνεννόηση ώστε οι δυνάμεις Χίου και Μυτιλήνης να αναχωρήσουν μαζί και να ακολουθήσουν την ίδια πορεία. Πράγματι, η συνάντηση αυτή πραγματοποιήθηκε την 8η εσπερινή της 12/25 Σεπτεμβρίου 1922 και οι δύο ομάδες μαζί έπλεαν προς Λαύριο ή Χαλκίδα, λιμάνια τα οποία προσφέρονταν για αποβίβαση.

Ετσι, την 6η πρωινή της 13/26 Σεπτεμβρίου 1922, οι δύο ομάδες διήρχοντο το στενό μεταξύ Ανδρου και Τήνου. Στο σημείο αυτό παρεκλήθη ο Στ. Γονατάς να επιβιβασθεί στο πολεμικό «Λήμνος» για να συναντηθεί με τα ηγετικά στελέχη του κινήματος Ν. Πλαστήρα και τον αντιπλοίαρχο Πετροπουλάκη υπό την ιδιότητα του αρχηγού του στόλου που είχε προσχωρήσει εις το επαναστατικό κίνημα. Ο Στ. Γονατάς συνάντησε και πλήθος αξιωματικών, με τους οποίους είχε την ευκαιρία να συνομιλήσει. Ομως στη σύσκεψη που ακολούθησε επί του πολεμικού πλοίου «Λήμνος», ο Στ. Γονατάς αντελήφθη «ότι υπήρχαν φιλοδοξίες προσωπικές ανικανοποίητες εκ της δοθείσας λύσεως». Επίσης, εκεί διεπίστωσε, όπως γράφει ο Στ. Γονατάς, ότι είχαν και έτοιμες διαφορετικές προκηρύξεις καίτοι είχε αποστείλει ο ίδιος τις δικές του προκηρύξεις, τις οποίες είχε υπογράψει. Συγκεκριμένα γράφει, ότι «οι περί τον Πλαστήραν είχαν αντιλήψεις καθαρώς βενιζελικάς και αντιβασιλικάς (δημοκρατικάς) και εθεώρουν τον Πλαστήραν ως κύριον δημιουργόν της επαναστάσεως, την οποίαν από καιρού είχεν προπαρασκευάσει διά μυήσεως αξιωματικών και συνεπώς δεν ήτο ορθόν οι προκηρύξεις να φέρουν μόνον την ιδική μου υπογραφήν».

Κάτω από αυτές τις συνθήκες και λόγω χαρακτήρος (μετριοπαθής), ο Στ. Γονατάς αναγκάστηκε να υποχωρήσει, ενώ στην ουσία τον είχαν καταργήσει από αρχηγό της επαναστάσεως. Τότε καταρτίσθηκε δωδεκαμελής επιτροπή, την οποίαν αποτελούσαν οι συνταγματάρχες Γονατάς, Πλαστήρας, Κουρουσόπουλος, Γαρδίκας, οι αντισυνταγματάρχες Πρωτοσύγγελου, Μαμούρης, Κοιμήσης, Χασαπίδης και Παναγόπουλος και ο αντιπλοίαρχοι Πετροπουλάκης και Φωκάς. Στην πορεία δημιουργήθηκε επιτροπή, την οποία αποτελούσαν οι Γονατάς, Πλαστήρας και Φωκάς. Βέβαια, αργότερα καταργήθηκαν όλα τα ανωτέρω όργανα και αρχηγός της επαναστάσεως έγινε ο Νικόλαος Πλαστήρας. Ομως οι προκηρύξεις που ερρίφθησαν σε αρκετές πόλεις (Αθήνα, Πειραιά, Θεσσαλονίκη, Λάρισα και Λαμία) με αεροπλάνο, έφεραν την υπογραφή του Στυλιανού Γονατά και ερρίφθησαν την 13/26 Σεπτεμβρίου 1922, δηλαδή την ημέρα που υπολόγιζαν οι επαναστάτες ότι θα έφθαναν στην Αττική. Και ενώ είχαν ξεκινήσει οι διαδικασίες για τη ρίψη των προκηρύξεων, τα πλοία καθυστέρησαν να φθάσουν στον προορισμό τους, με αποτέλεσμα να φοβηθούν οι επαναστάτες, διότι υπήρχε κίνδυνος να εμποδισθεί η αποβίβασή τους.  Ομως η ανησυχία των επαναστατών δεν ήταν δικαιολογημένη, διότι οι κυβερνώντες «εκοιμώντο τον ύπνο του δικαίου» και δεν είχαν ούτε τη θέληση ούτε τη διάθεση να εμπλακούν σε νέα περιπέτεια.