Η στάση του Βατικανού και η επιλογή του Πάπα να σιωπήσει, σύμφωνα με τους επικριτές του, κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου και στην άνοδο του ναζισμού στην Ευρώπη βρίσκονται στο μικροσκόπιο των μελετητών. Έχουν άλλωστε την ευκαιρία για πρώτη φορά να δουν αρχείο εκείνης της περιόδου και να εξακριβώσουν τον ρόλο που διαδραμάτισε ο προκαθήμενος της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας και πρώην διπλωμάτης του Βατικανού στη Γερμανία απέναντι στους ρατσιστικούς νόμους που επιβάλλονταν τότε στην Ευρώπη και στη χειρότερη γενοκτονία που διαπράχθηκε ποτέ.
Ο Πάπας Φραγκίσκος είχε ανακοινώσει το άνοιγμα των αρχείων πέρυσι, επισημαίνοντας πως «η Εκκλησία δεν φοβάται την Ιστορία» και πως «η κληρονομιά του Πίου ΙΒ’ αντιμετωπίστηκε με κάποια προκατάληψη και υπερβολή». Υψηλόβαθμοι αξιωματούχοι της Αγίας Έδρας εκτιμούν ότι οι ερευνητές θα διαπιστώσουν από τα αρχεία ότι ο Πίος ΙΒ’ όχι μόνο δεν έμεινε απαθής απέναντι στη φρικιαστική κατάσταση που εκτυλισσόταν, αλλά ότι βοήθησε παρασκηνιακά τους Εβραίους.
Σε κάθε περίπτωση, οι ειδικοί, μεταξύ αυτών και εκπρόσωποι από το Μουσείο-Μνημείο του Ολοκαυτώματος της Ουάσιγκτον, θα μπορούν ανενόχλητοι να μελετήσουν εκατομμύρια έγγραφα, μηνύματα και γράμματα του Ποντίφικα από τη στιγμή που ανέλαβε τον παπικό θρόνο μέχρι και τον θάνατό του (τον Μάρτιο του 1939 ως τον θάνατό του τον Οκτώβριο του 1958).
Οι επικρίσεις σχετικά με τη στάση του ξεκίνησαν μετά από τον θάνατό του, τη δεκαετία του 1960 και κορυφώθηκαν με τη δημοσίευση δεκάδων ευπώλητων βιβλίων για το θέμα, μεταξύ των οποίων «Ο Πάπας του Χίτλερ» του Τζον Κόρνγουελ το 1999, που κατηγορούσε τον Πίο ΙΒ’ ότι βοήθησε και νομιμοποίησε το ναζιστικό καθεστώς του Αδόλφου Χίτλερ στη Γερμανία. Αντίστοιχου περιεχομένου ήταν το «Κάτω από το παράθυρό του» της Σούζαν Ζουκότι το 2000, που σε απόσπασμά του αναφέρει: «Ήταν Σάββατο του Οκτωβρίου 1943. Οι Ναζί είχαν καταλάβει τη Ρώμη εδώ και ένα μήνα. Λίγο πριν από τη δύση του ηλίου περικύκλωσαν το εβραϊκό γκέτο και σε λίγες ώρες εκατοντάδες Ιταλοί Εβραίοι, κυρίως γυναίκες και παιδιά, μεταφέρονταν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης. Όπως δήλωσε αργότερα Ναζί διπλωμάτης, «οι Εβραίοι στοιβάζονταν σε φορτηγά και απομακρύνονταν, κάτω από το παράθυρο του Πάπα».
Δεν είναι λίγοι εκείνοι που κατηγορούν το Βατικανό για συνενοχή στη διαφυγή Γερμανών Ναζί στη Λατινική Αμερική μετά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο. Ο Γερμανός καθηγητής Ιστορίας στο Πανεπιστήμιο της Ιένας Ντάνιελ Σταλ εκτιμά ότι η διαφυγή των ναζί δεν γινόταν βάσει οργανωμένου και δομημένου συστήματος, αλλά ξεκίνησε ως χαλαρή συνεργασία διαφόρων θεσμών. «Το πρώτο βήμα ήταν η διαφυγή στην Ιταλία. Στη συνέχεια, μόλις διασφαλιζόταν η πολυπόθητη επιστολή της Καθολικής Εκκλησίας, η έκδοση διαβατηρίου από τον Ερυθρό Σταυρό ήταν απλά ζήτημα χρόνου», λέει ο Γερμανός ιστορικός. Στους γνωστότερους Γερμανούς ναζί που έφθασαν στη Λατινική Αμερική με τη βοήθεια του Βατικανού περιλαμβάνονται ο «αρχιτέκτονας του Ολοκαυτώματος» Αντολφ Αϊχμαν, ο «γιατρός του Αουσβιτς» Γιόσεφ Μένγκελε και ο «χασάπης της Λυών» Κλάους Μπάρμπι.
Πάντως, αρκετά ήταν και τα βιβλία που γράφτηκαν υπερασπιζόμενα τη στάση του Πάπα, που ήταν διπλωματική και είχε στόχο να μη θέσει στο στόχαστρο τη Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία και τους πιστούς της, ενώ κατά καιρούς το Βατικανό έδινε στη δημοσιότητα αρχειακό υλικό, που όμως δεν ικανοποιούσε την ιστορική μελέτη. Τυπικά, το Βατικανό ανοίγει τα αρχεία του 70 χρόνια μετά τον θάνατο του εκάστοτε Πάπα, ωστόσο το γεγονός ότι η απόφαση λήφθηκε νωρίτερα δείχνει πως η Αγία Έδρα υπέκυψε στις πιέσεις που δεχόταν να πέσει άπλετο φως στην υπόθεση, ενόσω υπάρχουν επιζώντες του Ολοκαυτώματος.
Από την έντυπη έκδοση