Χειροτονήθηκε Πάπας στις 13 Μαρτίου 2013, διαδεχόμενος τον Βενέδικτο ΙΣΤ’ και ήταν ο πρώτος Ιησουίτης Πάπας, ο πρώτος μη Ευρωπαίος εδώ και περισσότερο από 1.200 χρόνια και ο πρώτος που επέλεξε το όνομα “Φραγκίσκος”, προς τιμήν του Αγίου Φραγκίσκου της Ασίζης, γνωστού για την απλότητα, τη φτώχεια και την αγάπη για τη φύση.

Ενδιαφέρουν παρουσιάζει η ιδιαίτερη σχέση που έχει αναπτύξει με την Ελλάδα. Η πρώτη επίσκεψη του Πάπα Φραγκίσκου στην Ελλάδα πραγματοποιήθηκε στις 16 Απριλίου 2016. Μαζί με τον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο και τον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο, επισκέφθηκε τη Λέσβο για να δείξει αλληλεγγύη στους πρόσφυγες. Ο ίδιος δήλωσε: «Ήρθαμε για να τραβήξουμε την προσοχή του κόσμου σε αυτήν την ανθρωπιστική κρίση και να καλέσουμε σε ευθύνη». Σε μια ιδιαίτερη πράξη συμβολισμού, ο Πάπας πήρε μαζί του στο Βατικανό 12 Σύρους πρόσφυγες, λέγοντας: «Η αγάπη δεν κάνει διακρίσεις σε θρησκείες ή φυλές».

Τον Δεκέμβριο του 2021, ο Πάπας επισκέφθηκε ξανά την Ελλάδα. Συναντήθηκε με την Πρόεδρο Κατερίνα Σακελλαροπούλου και τον Πρωθυπουργό Κυριάκο Μητσοτάκη. Κατά την ομιλία του στο Προεδρικό Μέγαρο, τόνισε: «Η Ελλάδα μάς διδάσκει τη δημοκρατία, τον σεβασμό στον άνθρωπο και το δικαίωμα στην αξιοπρέπεια». Κατά την επιστροφή του στη Λέσβο, είπε χαρακτηριστικά: «Η Μεσόγειος έχει γίνει ένα νεκροταφείο χωρίς ταφόπλακες. Δεν μπορούμε να παραμείνουμε αδιάφοροι».

Ο Πάπας Φραγκίσκος είχε επιδιώξει την προσέγγιση με την Ορθόδοξη Εκκλησία. Το 2021 στην Αθήνα, απευθυνόμενος στους Ορθόδοξους Ιεράρχες, είπε: «Αισθάνομαι την ανάγκη να ζητήσω συγχώρεση εκ μέρους της Καθολικής Εκκλησίας για τα σφάλματα του παρελθόντος». Η παρουσία του στο πλευρό του Πατριάρχη Βαρθολομαίου έδειξε  την κοινή αγωνία για τον σύγχρονο κόσμο και τις προκλήσεις της κλιματικής αλλαγής και του κοινωνικού αποκλεισμού. Οι κοινές δηλώσεις τους υπέρ της προστασίας του περιβάλλοντος αναδεικνύουν τη θεολογική και ηθική διάσταση του ζητήματος.

Ο Πάπας έχει αναφερθεί στην Ελλάδα ως «το λίκνο του ανθρωπισμού και της χριστιανικής σκέψης». Έχει επαινέσει τη συμβολή των Πατέρων της Εκκλησίας στην ενσάρκωση της σοφίας του Ευαγγελίου, όπως και τον ρόλο της ελληνικής γλώσσας στη διάδοση του χριστιανικού μηνύματος.