Έτσι αφότου ο Ιερώνυμος απέστειλε επιστολή προς τον υπουργό Παιδείας, με την οποία του απηύθυνε πέντε ερωτήματα, ο κ. Φίλης του ανταπάντησε με νέα επιστολή πως «τα θέματα αυτά αποτελούν αντικείμενο επιστημονικού διαλόγου» :

Αναλυτικά η επιστολή:

«Μακαριώτατε,

Πληροφορήθηκα δια του ηλεκτρονικού τύπου το περιεχόμενο της επιστολής που μού απευθύνετε σχετικά με τις σχέσεις της Διοίκησης της Εκκλησίας της Ελλάδος με το δικτατορικό  καθεστώς της επταετίας. Τα θέματα αυτά αποτελούν αντικείμενο επιστημονικού διαλόγου καθώς και ευρύτερου δημόσιου διαλόγου που πρέπει να γίνεται νηφάλια και ψύχραιμα και με στόχο να διδασκόμαστε όλοι από τα λάθη μας.

Ως προς τα θεσμικά ζητήματα όπως με το μάθημα των Θρησκευτικών,  είναι ωφέλιμο να συζητούνται όχι με ανταλλαγή επιστολών αλλά στο πλαίσιο της θεσμικής συνεργασίας μεταξύ της Πολιτείας και της Εκκλησίας, όπως αυτή υλοποιήθηκε και υλοποιείται και με τη σειρά τακτικών συναντήσεων μεταξύ του Αρχιεπισκόπου και του υπουργού Παιδείας, Έρευνας & Θρησκευμάτων.

Γνωρίζετε ότι είμαι πάντοτε ανοιχτός στο διάλογο και βεβαίως για συνάντηση μαζί σας».

Υπενθυμίζεται πως ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος έστειλε επιστολή την Πέμπτη προς τον πρόεδρο της Βουλής Νίκο Βούτση, στη ν οποία συμπεριέλαβε ένα τόμο που εκδόθηκε από την Εκκλησία της Ελλάδος, με τίτλο «Μνήμες και Μαρτυρίες από το 40 και την Κατοχή», ζητώντας να ενημερωθούν οι βουλευτές «για την έκδοση αυτή η οποία αποτυπώνει με ακρίβεια όλα όσα τα αξιότιμα μέλη του κοινοβουλίου μας είναι ωφέλιμο να γνωρίζουν».

Από την πλευρά του ο υπουργός Παιδείας, Νίκος Φίλης, μετά τον σάλο που προκάλεσαν τα λεγόμενά του ανασκεύασε τα όσα είπε για τον ρόλο της Εκκλησίας στην Κατοχή και τη χούντα.