Τον Δεκέμβριο του 2004 η οικονομική υπηρεσία του Δήμου διαπίστωσε ταμειακό έλλειμμα ύψους 961.757,31 ευρώ. Από το έτος 1994 ειδικός ταμίας του Δήμου αρχικά έκανε λόγο για λογιστικό λάθος λόγω της μετάβασης από το απλογραφικό στο διπλογραφικό σύστημα.
Ο ισχυρισμός του αυτός δεν τεκμηριώθηκε και ασκήθηκε σε βάτος του ποινική δίωξη για τα αδικήματα:
α) της πλαστογραφίας μετά χρήσεως κατ’ εξακολούθηση σε βάρος Ο.Τ.Α., τελεσθείσης κατ’ επάγγελμα και κατά συνήθεια με συνολική ζημία υπερβαίνουσα το ποσό των 150.000 ευρώ,
β) της απάτης κατ’ εξακολούθηση σε βάρος Ο.Τ.Α., τελεσθείσης κατ’ επάγγελμα και κατά συνήθεια με συνολικό όφελος και συνολική ζημία υπερβαίνουσα το ποσό των 150.000 ευρώ,γ) της υπεξαίρεσης στην υπηρεσία κατ’ εξακολούθηση σε βάρος Ο.Τ.Α., με ιδιαίτερα τεχνάσματα, συνολικού ποσού άνω των 150.000 ευρώ και
δ) της απιστίας στην υπηρεσία σε βάρος Ο.Τ.Α., συνολικού ποσού άνω των 150.000 ευρώ, τελεσθείσης κατ’ επάγγελμα και κατά συνήθεια με την επιβαρυντική περίσταση που προβλέπεται από το άρθρο 1 του ν. 1608/1950.
Στο πλαίσιο της κύριας ανάκρισης, διενεργήθηκε λογιστικός έλεγχος στο ταμείο του Δήμου από ορκωτούς ελεγκτές – λογιστές που διορίστηκαν από τον αρμόδιο ανακριτή και διαπιστώθηκε ότι το έλλειμμα ήταν πραγματικό και ανερχόταν σε 963.360,85 ευρώ.
Το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων Κρήτης τον έκρινε ένοχο για όλα τα αδικήματα εκτός της απάτης και τον καταδίκασε σε συνολική ποινή κάθειρξης 19 ετών.
Όμως, ο ταμίας άσκησε έφεση και το Πενταμελές Εφετείο Κακουργημάτων Κρήτης τον έκρινε ένοχο για τα αδικήματα της υπεξαίρεσης στην υπηρεσία κατ’ εξακολούθηση σε βάρος Ο.Τ.Α. συνολικού ποσού 135.159 ευρώ και της απιστίας στην υπηρεσία κατ’ εξακολούθηση σε βάρος Ο.Τ.Α. και καταδικάστηκε σε ποινή κάθειρξης 6 ετών.
Μιχάλης Μητρούσης για το τροχαίο: «Είμαι τυχερός μες στην ατυχία μου»
Στο μεταξύ, σε βάρος του ταμία κινήθηκε και πειθαρχική διαδικασία. Εκεί υποστήριξε ότι εκτελούσε εντελές του Δημάρχου και ότι είχε καταστραφεί το «πρόχειρο βιβλίο» που τηρούσε με τις πληρωμές και τις άλλες δαπάνες του Δήμου.
Με απόφαση του πειθαρχικού συμβουλίου των υπαλλήλων των Ο.Τ.Α. της περιφέρειας Κρήτης, στον ταμία επιβλήθηκε η ποινή της οριστικής παύσης για τα πειθαρχικά παραπτώματα της παράβασης του υπαλληλικού καθήκοντος, της υπεξαίρεσης στην υπηρεσία, της απιστίας, της χρησιμοποίησης της υπαλληλικής ιδιότητας για την εξυπηρέτηση ιδιωτικών συμφερόντων και της εντός και εκτός υπηρεσίας αναξιοπρεπούς ή ανάξιας για υπάλληλο διαγωγής.
Προσέφυγε στο Συμβούλιο της Επικρατείας ζητώντας να ακυρωθεί η πειθαρχική απόφαση προκειμένου να επιστρέψει στο Δήμο.
Το Γ΄ Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας απέρριψε ως αβάσιμους όλους τους ισχυρισμούς και επικύρωσε την οριστική απόλυσή του.