Τα όσα έγιναν στη Θεσσαλονίκη με την έφοδο αντιεξουσιαστών στη διάρκεια θείας λειτουργίας σε ναό, σε ένδειξη διαμαρτυρίας για το κατεδάφιση κτηρίου, όπου στεγάζονταν ορφανοτροφείο, πήραν γρήγορα διαστάσεις και έφεραν στην επιφάνεια την καχυποψία και τη δυσφορία, που υπάρχουν σε εκκλησιαστικούς κύκλους, ενίοτε και στην ηγεσία της Ιεράς Συνόδου, για τη στάση που τηρούν υπουργοί της κυβέρνησης και ο ΣΥΡΙΖΑ για θέματα που αφορούν την εκκλησία, όπως για παράδειγμα στην Παιδεία.

Η ίδια η Ιερά Σύνοδος μάλιστα δυσφόρησε για το γεγονός ότι δεν υπήρξε από υπουργούς ευθεία καταδίκη της συγκεκριμένης εισβολής στη Θεσσαλονίκη, με αποτέλεσμα να εκδώσει μία ανακοίνωση – φωτιά στηλιτεύοντας «την ως τώρα απουσία οποιασδήποτε δήλωσης καταδίκης της επίθεσης από τους καθ’ ύλην αρμόδιους για τα ανθρώπινα δικαιώματα, την προστασία των πολιτών και τα θρησκεύματα Υπουργούς» αλλά και την «εύγλωττη επίσης σιωπή επιστημονικών και ακτιβιστικών ενώσεων και συμβουλίων, που έχουν ως αντικείμενο τις δημόσιες παρεμβάσεις και πολιτικές για τα ανθρώπινα δικαιώματα».

Η κυβέρνηση φοβούμενη ότι η υπόθεση θα πλήξει τις σχέσεις της με την ηγεσία της εκκλησίας έσπευσε στη συνέχεια να καταδικάσει την εισβολή. «Προφανώς είναι καταδικαστέο το γεγονός. Οι ναοί και οι χώροι λατρείας δεν είναι χώροι διεκδίκησης, πόσο μάλλον όταν έχουν βίαια χαρακτηριστικά. Το περιστατικό είναι προσβολή στο δημόσιο αίσθημα» ανέφεραν χαρακτηριστικά κυβερνητικές πηγές.

Πάντως το γεγονός ότι και οι 26 αντιεξουσιαστές εισβολείς κρίθηκαν αθώοι από το δικαστήριο για το αδίκημα της υβριστικής συμπεριφοράς κατά τη διάρκεια θρησκευτικής λατρείας, αφήνει μάλλον ανοιχτές πληγές και την εκκλησιαστική ηγεσία να θεωρεί ότι η κυβερνητική στάση ανοχής, διαμορφώνει ένα πλαίσιο που αφήνει εκτεθειμένη σε στοχοποίηση την εκκλησία.