Ο Ιωάννης Καρασακαλίδης κατηγορήθηκε από τον Μητροπολίτη για «εναγκαλισμούς, θωπείες και ασπασμούς θηλέων κατά συρροήν επί σκοπώ γενετησίου ικανοποιήσεώς του, κατάχρηση της πνευματικής του πατρότητος κατά συρροήν σε υπεξούσιά του πνευματικώς θήλεα πρόσωπα επί σκοπώ γενετησίου ικανοποιήσεώς του, παράβαση κατά συρροήν της δοθείσης υπ’ αυτού μοναχικής ομολογίας περί παρθενίας και δεινότατο σκανδαλισμό της συνειδήσεως των πιστών».

Ο πρώην αρχιμανδρίτης είχε τιμωρηθεί με έκπτωση και αργία από το αξίωμά του και τον περασμένο Ιούλιο καταδικάστηκε από ποινικό δικαστήριο για συκοφαντία και εξύβριση του Μητροπολίτη Αλεξανδρουπόλεως κ.κ Ανθίμου.

Στη συνέχεια αφέθηκε ελεύθερος προκειμένου να εξαγοράσει την ποινή, γεγονός που ο αρχιμανδρίτης δεν πραγματοποίησε, έτσι εκδόθηκε ένταλμα σύλληψης με το οποίο συνελήφθη.

Ο κατηγορούμενος είχε παραπεμφθεί στο Πρωτοβάθμιο Συνοδικό Δικαστήριο τον οποίο και έκρινε ένοχο για όλες τις κατηγορίες ενώ του επέβαλλε αργία 7,5 ετών από πάσης ιεροπραξίας, έκπτωση από το οφίκιο του αρχιμανδρίτη και στέρηση της πνευματικής πατρότητος.

Στη συνέχεια, ένα χρόνο μετά, το Δευτεροβάθμιο Συνοδικό Δικαστήριο στην Αθήνα υπό την προεδρία του Αρχιεπισκόπου Αθηνών κ.κ. Ιερωνύμου, είχε επιβεβαιώσει την καταδίκη και είχε μειώσει την ποινή σε 5,5 χρόνια. Ο Καρασακαλίδης προσέφυγε και στο ΣτΕ, ωστόσο δεν δικαιώθηκε.

Η ποινική δίκη του πραγματοποιήθηκε τον Ιούλιο στην Αλεξανδρούπολη και ο πρώην αρχιμανδρίτης είχε κριθεί ένοχος χωρίς ελαφρυντικά και καταδικάστηκε σε εξαγοράσιμη ποινή φυλάκισης 4,5 ετών χωρίς αναστολή, διετή στέρηση πολιτικών δικαιωμάτων και διετή απαγόρευση εξόδου από τη χώρα. Ωστόσο, εκ νέου δεν κατέβαλε ποτέ το πόσο των 50.000 ευρώ για την εξαγορά.

Έτσι, ο ανακριτής Πλημμελειοδικών Ξάνθης εξέδωσε ένταλμα σύλληψης σε βάρος του. Ο Ιωάννης Καρασακαλίδης συνελήφθη το πρωί της Τετάρτης  και θα προσαχθεί στον εισαγγελέα κατηγορούμενος για παραβίαση των όρων με τους οποίους είχε αφεθεί ελεύθερος, ενώ θα ακολουθήσει η απολογία του.