Είναι πολλές, είναι συχνές, αλλά συχνά οι παθήσεις των γεννητικών οργάνων των ανδρών υποτιμώνται. Εάν, μάλιστα, δεν αντιμετωπιστούν έγκαιρα και σωστά, έχουν επίπτωση στη σεξουαλική λειτουργία και στη γονιμότητα. Οι συχνότερες από αυτές τις ασθένειες είναι:
Φίμωση. Η φίμωση είναι η κατάσταση, κατά την οποία η ακροποσθία, το τμήμα, δηλαδή, του δέρματος το οποίο καλύπτει τη βάλανο του πέους, είναι στενό ή έχει κλείσει, αφήνοντας ένα μικρό πέρασμα για να βγαίνουν τα ούρα. Η φίμωση μπορεί να υπάρχει εκ γενετής ή να δημιουργείται από επαναλαμβανόμενες ή χρόνιες φλεγμονές της βαλάνου και της ακροποσθίας, που ονομάζονται βαλανοποσθίτιδες. 
Πιο συγκεκριμένα, παθήσεις που σχετίζονται με την ανάπτυξη φίμωσης, είναι:
- Χρόνιες φλεγμονές στη βάλανο και στην ακροποσθία και κυρίως μυκητιάσεις, που δεν αντιμετωπίζονται σωστά,
- σακχαρώδης διαβήτης και
- τραυματισμοί κατά τη διάρκεια της σεξουαλικής πράξης.
Αντιμετωπίζεται με μια απλή επέμβαση, τη γνωστή μας περιτομή, η οποία γίνεται με τοπική αναισθησία. Μελέτες έχουν δείξει ότι άνδρες, που έχουν υποβληθεί σε περιτομή, εμφανίζουν πολύ λιγότερες λοιμώξεις του ουροποιητικού, σε σύγκριση με εκείνους που δεν έχουν υποβληθεί.
Νόσος Πεϊρονί (Peyronie). Η νόσος Peyronie είναι μια ιδιαίτερα σοβαρή πάθηση του πέους, που προκαλεί γωνίωσή του, όταν αυτό βρίσκεται σε στύση, είτε προς τα πάνω, είτε προς τα κάτω, είτε ακόμη και προς τα πλάγια. 
Χαρακτηρίζεται από τον σχηματισμό ινωδών πλακών στον λευκό χιτώνα του πέους, με αποτέλεσμα αυτό να χάνει την ελαστικότητά του στο συγκεκριμένο σημείο. Μπορεί να εμφανιστεί σε όλες τις ηλικίες, αφορά όμως κυρίως σε άνδρες μέσης ηλικίας. Σε πολλές περιπτώσεις προκαλεί πόνους κατά τη διάρκεια της ερωτικής επαφής, αλλά και δυσκολία στη στύση.
Υπάρχουν κυρίως χειρουργικές θεραπείες, αλλά και μη επεμβατικές σε πιο αρχικά στάδια της νόσου.
Μικροφαλλία. Όταν σε ένα τεντωμένο πέος, το μήκος του είναι μικρότερο από 2,5cm, αυτό ονομάζεται μικροφαλλία. Εκτός από την ιδιοπαθή μικροφαλλία, η αιτία της οποίας δεν είναι γνωστή, υπάρχουν δύο σημαντικές ορμονικές διαταραχές, που μπορεί να την προκαλέσουν, οι οποίες είναι:
- Υπογοναδοτροπικός υπογοναδισμός, όπου υπάρχει μία ανεπάρκεια στην έκκριση της ορμόνης (GnRH) από τον υποθάλαμο και
- υπεργοναδοτροφικός υπογοναδισμός, όπου λόγω βλάβης των όρχεων δεν παράγεται φυσιολογικά η τεστοστερόνη.
Αν η λεπτομερής κλινική εξέταση του γιατρού δείξει ότι, όντως, υπάρχει μικροφαλλία, στη συνέχεια πρέπει να γίνουν ειδικές εξετάσεις αίματος, ώστε να διαγνωσθούν αυτές οι ορμονικές διαταραχές.
Το πρόβλημα μπορεί να αντιμετωπιστεί- έως κάποιο βαθμό- με επέμβαση επιμήκυνσης πέους.
Κιρσοκήλη. Κιρσοκήλη αποκαλείται η πάθηση, που δημιουργείται, όταν οι φλέβες των όρχεων αποκτούν ελικοειδή – κιρσοειδή διάταξη. Πρόκειται για μια ιδιαίτερα δύσκολη πάθηση, καθώς- παρότι πολλές φορές δεν εμφανίζει συμπτώματα- μπορεί να επηρεάσει αρνητικά τη γονιμότητα ενός άνδρα.
Η κιρσοκήλη παρατηρείται συχνότερα στον αριστερό όρχι κι αυτό οφείλεται σε ανατομικούς λόγους. Λιγότερο παρουσιάζεται και στους δύο όρχεις και πολύ σπάνια μπορεί να προσβάλει τον δεξιό. Οι φλέβες του όρχεως διατείνονται και προκαλείται φλεβική ανεπάρκεια, όπως, δηλαδή, συμβαίνει με τους κιρσούς στα πόδια.
Αντιμετωπίζεται χειρουργικά και παρατηρείται βελτίωση στα χαρακτηριστικά του σπέρματος 3-6 μήνες μετά την επέμβαση.
