Καταγόμενος από οικογένεια με πολιτική παράδοση ασχολήθηκε από νωρίς με την πολιτική εκλεγόμενος βουλευτής Χανίων ήδη από τις βουλευτικές εκλογές του 1946. Υπήρξε ιδρυτικό μέλος της Ενώσεως Κέντρου λαμβάνοντας μέρος στον επονομαζόμενο Ανένδοτο Αγώνα των ετών 1961 – 1963, κατά της κυβέρνησης του Κωνσταντίνου Καραμανλή, που οδήγησε την κεντρώα παράταξη στην εξουσία έπειτα από μακρά περίοδο παραμονής της στην αντιπολίτευση, καθώς και στην κρίση που ακολούθησε του Ιουλίου του 1965, οπότε ερχόμενος σε αντίθεση με τον πρωθυπουργό Γεώργιο Παπανδρέου αποχώρησε από την κυβέρνηση μαζί με άλλα στελέχη, χαρακτηριζόμενοι επί τούτου «αποστάτες» και «προδότες» της Ένωσης Κέντρου, σχηματίζοντας τις λεγόμενες «κυβερνήσεις των Αποστατών» (του Αθανασιάδη-Νόβα, του Τσιριμώκου και του Στεφανόπουλου). Με το ξέσπασμα του πραξικοπήματος της 21ης Απριλίου συνελήφθη και εν συνεχεία μετέβη στο εξωτερικό, όπου και ανέπτυξε αντιδικτατορική δράση.
Μεταπολιτευτικά δημιούργησε το «Κόμμα Νεοφιλελευθέρων» που εξέλεξε στις εκλογές του 1977 δυο βουλευτές, τον ίδιο και τον Παύλο Βαρδινογιάννη. Στη συνέχεια (1978) εντάχθηκε στη Νέα Δημοκρατία και την 1η Σεπτεμβρίου 1984 εξελέγη αρχηγός της. Ηγήθηκε του κόμματος στις εκλογές του 1985, στις οποίες και ηττήθηκε. Μετά την ήττα παραιτήθηκε και έθεσε εκ νέου θέμα ηγεσίας. Στις εσωκομματικές εκλογές που ακολούθησαν επανεξελέγη πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας. Στις δύο βουλευτικές εκλογές του 1989 δεν κατάφερε να κερδίσει την αυτοδυναμία, το πέτυχε όμως σε αυτές της 9ης Απριλίου του 1990, οπότε και σχημάτισε κυβέρνηση υπό την προεδρία του. Στις εκλογές του Οκτωβρίου του 1993 ηττήθηκε και παραιτήθηκε από την ηγεσία της ΝΔ, του απονεμήθηκε δε ο τίτλος του Επιτίμου Προέδρου του κόμματος.
Από τότε εκλεγόταν βουλευτής μέχρι το 2004. Παρά την παύση της κοινοβουλευτικής του δράσης εξακολουθεί να προβαίνει σε πολιτικές παρεμβάσεις διαμέσου των μέσων ενημέρωσης ή της επαφής του με πολιτικούς και οικονομικούς παράγοντες. Παιδιά του είναι ο Κυριάκος Μητσοτάκης και η Ντόρα Μπακογιάννη.
Τα πρώτα χρόνια
Γεννήθηκε στις 18 Οκτωβρίου του 1918 στη συνοικία Χαλέπα των Χανίων – στο σπίτι όπου είχε υπογραφεί η σύμβαση της Χαλέπας, η οποία παρείχε τα πρώτα δικαιώματα στους Κρήτες. Ήταν ο δευτερότοκος υιος του Κυριάκου Μητσοτάκη, βουλευτή, και της Σταυρούλας Πλουμιδάκη. Από την πλευρά του πατέρα του είναι εγγονός του Κωστή Μητσοτάκη (1845-1898), του ιδρυτή του κόμματος των Ξυπολήτων, κόμμα το οποίο παρέλαβε ο Ελευθέριος Βενιζέλος μετονομάζοντάς το σε «Κόμμα των Φιλελευθέρων», και της Κατίγκως Βενιζέλου, αδελφής του Ελευθέριου Βενιζέλου.Εξάλλου, είναι και ανηψιός του Αριστομένη Μητσοτάκη, και πρώτος ξάδελφος του Σοφοκλή Βενιζέλου, ενώ από την πλευρά της μητέρας του είναι εγγονός του Χαράλαμπου Πλουμιδάκη.
Σπούδασε νομική, πολιτικές και οικονομικές επιστήμες στη Νομική Σχολή του πανεπιστημίου Αθηνών με δαπάνες από κληροδότημα που είχε ορίσει για τις σπουδές του ο Ελευθέριος Βενιζέλος. Με το ξέσπασμα του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου κατατάχθηκε στον ελληνικό στρατό πολεμώντας ως Έφεδρος Ανθυπολοχαγός στη Μακεδονία εναντίον της εισβολής των Γερμανών στην Ελλάδα. Την περίοδο της γερμανικής κατοχής συμμετείχε στην Αντίσταση κατά των κατακτητών ως ηγετικό στέλεχος της Εθνικής Οργάνωσης Κρήτης. Για τη δράση του αυτή φυλακίστηκε και καταδικάστηκε δύο φορές σε θάνατο από τους Γερμανούς. Κατά τη δεύτερη φυλάκιση απελευθερώθηκε μετά από ανταλλαγή Βρετανών και Γερμανών αιχμαλώτων, η οποία συμφωνήθηκε σε ανώτατο στρατιωτικό επίπεδο μεταξύ Βρετανίας και Γερμανίας. Για την αντιστασιακή του δράση τιμήθηκε το 1986 από το Βρετανικό Κοινοβούλιο.
Πρωταγωνίστησε στην πραγματοποίηση των Συμφωνιών του Θερίσσου και της Τρομάρισσας μεταξύ εθνικιστικών και αριστερών αντιστασιακών οργανώσεων, οι οποίες είχαν ως αποτέλεσμα την αποφυγή της εμφύλιας διαμάχης στην Κρήτη.
Πρώιμη πολιτική σταδιοδρομία
Στις εκλογές της 31ης Μαρτίου του 1946 εξελέγη βουλευτής με το Κόμμα των Φιλελευθέρων και τάχθηκε υπέρ της αβασίλευτης Δημοκρατίας. Το 1950 εξελέγη πρώτος βουλευτής Χανίων με το κόμμα των Φιλελευθέρων. Σε ηλικία 32 ετών, τον Φεβρουάριο του 1951, ανέλαβε το χαρτοφυλάκιο του υφυπουργού Οικονομικών επί κυβερνήσεως Σοφοκλή Βενιζέλου, και στον επόμενο ανασχηματισμό, τον Ιούλιο της ίδιας χρονιάς, ανέλαβε τα υπουργεία Συγκοινωνιών και Δημόσιων Έργων.
Το 1955 υπερασπίστηκε τον Νίκο Καζαντζάκη στο Κοινοβούλιο, όταν αυτός διωκόταν για λόγους θρησκευτικής προκατάληψης. Έθεσε υποψηφιότητα για την ανάδειξη νέου αρχηγού του Κόμματος των Φιλελευθέρων το 1958 και ψηφίστηκε από το 1/3 των βουλευτών του κόμματος, είχε λάβει 95 ψήφους από τους οποίους περίπου οι 80 προέρχονταν από φίλους του Γ. Παπανδρέου. Αργότερα το 1960 πρωταγωνίστησε στην «Ομάδα των 10» και συμμετείχε στον νέο κεντρώο πολιτικό σχηματισμό με την ονομασία «Δημοκρατικό Κέντρο – Αγροτική Φιλελεύθερη Ένωση».
Το 1961 ο Γεώργιος Παπανδρέου και ο Σοφοκλής Βενιζέλος μαζί με πολλούς πολιτικούς του ευρύτερου κεντρώου και βενιζελικού χώρου ίδρυσαν την Ένωση Κέντρου. Την εποχή εκείνη ο Κ. Μητσοτάκης ηγήθηκε εσωκομματικής εκστρατείας για την ανάθεση της ηγεσίας του Κέντρου στον Γ. Παπανδρέου.
ΑΟΖ Τουρκίας - Συρίας: Διπλωματικός συναγερμός σε Λευκωσία και Αθήνα - «Τα μαζεύει» ο Ουράλογλου
Αργότερα ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης εξελέγη βουλευτής της ΕΚ και συμμετείχε ενεργά στον «Ανένδοτο Αγώνα» ενώ το 1962 έκανε στη Βουλή δήλωση υπέρ της νομιμοποίησης του τότε παράνομου Κομμουνιστικού Κόμματος Ελλάδας. Μετά τη νίκη της Ένωσης Κέντρου το 1963, διετέλεσε υπουργός Οικονομικών στις Κυβερνήσεις του Γεωργίου Παπανδρέου το 1963 και 1964.
Ιουλιανά 1965
Σημειώνεται πως η μέχρι τότε πολιτική παρουσία του Κ. Μητσοτάκη στην Ένωση Κέντρου ως πρωτοκλασάτου του χώρου, συνέτεινε ώστε σε αυτόν να επικεντρώνεται τότε όλο το μένος των λεγομένων «Ανδρεϊκών», των οπαδών του Ανδρέα Παπανδρέου, που αποτελούσαν μερίδα του Κέντρου την εποχή εκείνη, σε κάθε διαφορά απόψεων μεταξύ Γεωργίου και Ανδρέα Παπανδρέου, και τους οποίους ο Κ. Μητσοτάκης με μια παροιμιώδη ψυχραιμία, που σύμφωνα με κάποιο βουλευτή «έσκαγε και γάιδαρο», αντιμετώπιζε από το βήμα της Βουλής, τις φωνές και τα γιουχαΐσματά τους, ατάραχος συνεχίζοντας τον λόγο του χωρίς να επηρεάζεται από το περιβάλλον.
Ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης διαδραμάτισε πρωταγωνιστικό ρόλο στα γεγονότα του Ιουλίου του 1965, τα οποία έχουν τον γενικό χαρακτηρισμό Ιουλιανά ή Αποστασία και αναφέρονται στις αιτίες παραίτησης της κυβέρνησης του Γεωργίου Παπανδρέου στις 15 Ιουλίου 1965.
Η κρίση που είχε δημιουργηθεί μεταξύ του τότε Βασιλιά Κωνσταντίνου και του Γεωργίου Παπανδρέου, είχε φαινομενική αφορμή την αποπομπή του Υπουργού Εθνικής Αμύνης Πέτρου Γαρουφαλιά και ειδικότερα το πρόσωπο που θα τον αντικαθιστούσε στη συνέχεια στο υπουργείο. Μετά την παραίτηση Παπανδρέου και παρά την προσπάθεια που κατέβαλε προηγουμένως ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης για να την αποτρέψει, αναγκάστηκε στη συνέχεια να συνταχθεί με κάποια στελέχη της Ένωσης Κέντρου, όπου και σχημάτισαν την ομάδα των λεγομένων αποστατών η οποία και έδιδε ψήφο εμπιστοσύνης στις κυβερνήσεις που ακολούθησαν. Συμμετείχε στις κυβερνήσεις των Γεωργίου Αθανασιάδη – Νόβα και Στέφανου Στεφανόπουλου ως Υπουργός Συντονισμού ενώ αρνήθηκε τη συμμετοχή στην κυβέρνηση Ηλία Τσιριμώκου. Την 1η Οκτωβρίου του 1965, από τα Χανιά, προανήγγειλε την ίδρυση νέου κεντρώου κόμματος, του Φιλελεύθερου Δημοκρατικού Κόμματος (ΦΙΔΗΚ). Εξαιτίας του γεγονότος αυτού, χαρακτηρίστηκε από το συμπολιτευόμενο τύπο του Γ. Παπανδρέου ως αποστάτης και προδότης.
Σε συνέντευξή του το 2001 ο Κ. Μητσοτάκης σχολίασε για την κίνηση της «Αποστασίας» από την ΕΚ:
«Έχω μετανιώσει, γιατί θα μπορούσα εκείνη την ώρα να δείξω λιγότερη ευαισθησία απέναντι των εξελίξεων και αντί να πάω να ορκιστώ, να πάω στο Καστρί και να κοιτάξω να συμφιλιώσω και πάλι τον Βασιλέα με τον Γεώργιο Παπανδρέου. Ίσως μπροστά στο φάσμα του απειλουμένου εμφυλίου πολέμου να ήσαν σοβαρότεροι και οι δύο.
Διότι και η μια μεριά και η άλλη είχε άδικο. Κατά τη δική μου αντίληψη και το είχα πει τότε εις τον Γέρο, ότι επιτέλους ο Κωνσταντίνος, ο τότε Βασιλεύς ήτο νέος, άπειρος, υφίστατο και κακές επιρροές, σίγουρα υφίστατο κακές επιρροές γύρω του, δεν αναφέρομαι κατ’ ανάγκη στη Βασίλισσα Φρειδερίκη, η οποία κι αυτή είχε ορισμένες φορές ακραίες θέσεις, είχε πολλά προσόντα, αλλά είχε και αδυναμίες που οφείλονται ίσως στην καταγωγή της και στην ψυχολογία την οικογενειακή, αλλά αναφέρομαι και σε πολλούς άλλους, είχε αδυναμίες, είχε ο Βασιλεύς άδικο.
Αλλά ο Γεώργιος Παπανδρέου ήταν ένας ώριμος πολιτικός, ο οποίος θα έπρεπε εκείνη την ώρα να δείξει περισσότερη λογική και να παραδεχθεί ότι χρειαζόταν μια μικρή υποχώρηση. Σας είπα, ότι αναγκάστηκε στη συνέχεια να κάνει πολύ μεγαλύτερη για να αποφύγει.»
Αντιδικτατορική δράση και Μεταπολίτευση
Στις 21 Απριλίου του 1967 συνελήφθη μεταξύ των πρώτων από τη δικτατορία της Χούντας των Συνταγματαρχών και μεταφέρθηκε με άλλους πολιτικούς ηγέτες στο Κέντρο Τεθωρακισμένων στο Γουδή. Την επομένη διαμετακομίστηκε στο Πικέρμι και στη συνέχεια τέθηκε σε κατ’ οίκον περιορισμό. Στο «Δημοψήφισμα της Χούντας» το 1968 προέβη σε δηλώσεις και πρότεινε για πρώτη φορά τη λύση Καραμανλή για την ομαλή μετάβαση στη Δημοκρατία. Με αφορμή αυτές τις δηλώσεις διώχθηκε από τη Χούντα και στις 15 Αυγούστου 1968 αναγκάστηκε να διαφεύγει κρυφά με πλοιάριο από τη Ραφήνα και διασχίζοντας το Αιγαίο έφτασε στην Τουρκία.
Μέσω Τουρκίας μετέβη στο Παρίσι και συμμετείχε ενεργά στον αντιδικτατορικό αγώνα. Η Δικτατορία εξεβίασε την επιστροφή του θέτοντας υπό περιορισμό την οικογένεια του η οποία τελικώς κατάφερε να πάρει άδεια εξόδου από την Ελλάδα τον Ιούνιο του 1969. Στο Παρίσι συνεργάστηκε στενά με τον Κωνσταντίνο Καραμανλή. Με την άρση του στρατιωτικού νόμου το 1973 έφτασε στην Ελλάδα. Συνελήφθη και πάλι από το καθεστώς Ιωαννίδη για να αποφυλακισθεί με την πτώση της Χούντας το 1974.
Παρά τη στενή συνεργασία τους ο Κωνσταντίνος Καραμανλής δεν τον συμπεριέλαβε στην Κυβέρνηση Εθνικής Ενότητας που σχημάτισε μετά την κατάρρευση της Δικτατορίας τον Iούλιο του 1974. Στις εθνικές εκλογές του ίδιου έτους έθεσε υποψηφιότητα ως ανεξάρτητος στον νομό Χανίων χωρίς όμως επιτυχία. Στις 6 Σεπτεμβρίου 1977 ίδρυσε το κεντρώο Κόμμα Νεοφιλελευθέρων λαμβάνοντας 1,08% (2 έδρες) στις εκλογές του Νοεμβρίου του ίδιου έτους. Με το ίδιο κόμμα εξελέγη και ο Παύλος Βαρδινογιάννης.
Το επόμενο έτος προσχώρησε στη Νέα Δημοκρατία μετά την απόφαση του Καραμανλή για διεύρυνση του κόμματος στον κεντρώο χώρο, αναλαμβάνοντας το υπουργείο Συντονισμού. Το 1980 έγινε υπουργός Εξωτερικών στην κυβέρνηση Γεωργίου Ράλλη έως τις εκλογές του 1981.Εν συνεχεία διετέλεσε κοινοβουλευτικός εκπρόσωπος της ΝΔ μέχρι το 1984. Την 1 Σεπτεμβρίου του 1984 η Κοινοβουλευτική Ομάδα της Νέας Δημοκρατίας τον εξέλεξε πρόεδρο του Κόμματος σε διαδοχή του Ευάγγελου Αβέρωφ. Εκείνη τη στιγμή θεωρήθηκε ο καταλληλότερος να αντιμετωπίσει τον τότε αρχηγό του ΠΑΣΟΚ Ανδρέα Παπανδρέου λόγω της παλιάς προσωπικής τους αντιμαχίας.
Μέσα στο κλίμα πόλωσης που δημιουργήθηκε τις παραμονές των εκλογών του Ιουνίου του 1985 δημοσιεύτηκε μια φωτογραφία που παρουσίαζε τον Μητσοτάκη εν μέσω δυο Γερμανών αξιωματικών την περίοδο της κατοχής της Ελλάδας κατά το Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο. Το 2001 πράκτορες της Στάζι ομολόγησαν ότι η φωτογραφία ήταν πλαστή και είχε κατασκευαστεί στη Βουλγαρία. Τελικά τον Ιούνιο του 1985, η Νέα Δημοκρατία, υπό την ηγεσία του συγκέντρωσε ποσοστό 40,84% έναντι 45,85% του ΠΑΣΟΚ.
Η δεύτερη αυτή ήττα της ΝΔ προκάλεσε εσωκομματικές προστριβές και αμφισβήτηση του προέδρου της. Ο Κωνσταντίνος Στεφανόπουλος, βασικός εσωκομματικός αντίπαλος του Κ. Μητσοτάκη, μετά την επανεκλογή του δεύτερου από την Κοινοβουλευτική Ομάδα της ΝΔ επέλεξε να αποχωρήσει από το κόμμα, ιδρύοντας τη Δημοκρατική Ανανέωση.
Η πρωθυπουργία
Στις βουλευτικές εκλογές του Ιουνίου του 1989 η Νέα Δημοκρατία υπό την ηγεσία του εκλέγεται πρώτο κόμμα με ποσοστό 44,2% χωρίς να συγκεντρώσει αυτοδυναμία λόγω του εκλογικού συστήματος, το οποίο είχε αλλάξει προς το αναλογικότερο με πρωτοβουλία της τελευταίας κυβέρνησης του ΠΑΣΟΚ.
Ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης διαπραγματεύεται με την ηγεσία του Συνασπισμού της Αριστεράς και της Προόδου, τον σχηματισμό κυβέρνησης συνεργασίας. Ο λόγος ήταν ότι, σύμφωνα με το Σύνταγμα, τυχόν ποινικές ευθύνες Υπουργών της προηγούμενης Κυβέρνησης Παπανδρέου θα έπρεπε να διερευνηθούν και, αν διαπιστωθούν, να διωχθούν από την αμέσως επόμενη Βουλή, αλλιώς θα παραγράφονταν.
Για να διευκολυνθεί ο σχηματισμός αυτής της κυβέρνησης δέχεται να μην είναι ίδιος πρωθυπουργός και προτείνει στη θέση αυτή τον βουλευτή Αθηνών, Τζανή Τζαννετάκη.
Η Κυβέρνηση Τζαννετάκη ήταν η πρώτη ελληνική κυβέρνηση στην οποία συμμετείχε το Κομμουνιστικό Κόμμα Ελλάδας και η ευρύτερη Αριστερά. Κατά τη βουλευτική αυτή περίοδο αποφασίστηκε η παραπομπή του Ανδρέα Παπανδρέου και Υπουργών της προηγούμενης Κυβέρνησης στο Ειδικό Δικαστήριο για το Σκάνδαλο Κοσκωτά και το Σκάνδαλο του γιουγκοσλαβικού καλαμποκιού.
Μετά τις εκλογές του Νοεμβρίου του 1989 η Νέα Δημοκρατία εκλέγεται ξανά πρώτο κόμμα, με το αυξημένο ποσοστό 46,19%, αυτή τη φορά, χωρίς όμως και πάλι να συγκεντρώσει αυτοδυναμία, με αποτέλεσμα να σχηματιστεί Οικουμενική Κυβέρνηση υπό τον καθηγητή και παλαιό Διοικητή της Τράπεζας της Ελλάδος Ξενοφώντα Ζολώτα.
Ο Κ. Μητσοτάκης ορκίστηκε πρωθυπουργός το 1990 μετά τη νίκη της ΝΔ στην τρίτη συνεχόμενη εκλογική αναμέτρηση με ποσοστό 46,88%.
Η κυβέρνηση παρά την σημαντική πλειοψηφία στο εκλογικό σώμα δεν κατόρθωσε να αποσπάσει απόλυτη πλειοψηφία στη βουλή με 150 έδρες. Με τη στήριξη του βουλευτή της Δημοκρατικής Ανανέωσης Θεόδωρου Κατσίκη (ο Κωστής Στεφανόπουλος δεν είχε καταφέρει να εκλεγεί βουλευτής) απέκτησε τη δεδηλωμένη και ορκίστηκε πρωθυπουργός. Αργότερα ο Θεόδωρος Κατσίκης προσχώρησε στη Νέα Δημοκρατία και μαζί με ακόμα μια έδρα που του επιδικάστηκε από το εκλογοδικείο η κοινοβουλευτική του δύναμη ανήλθε στις 152 έδρες.
Κατά τη διάρκεια της πρωθυπουργίας του προσπάθησε να εφαρμόσει την νεοφιλελεύθερη ατζέντα. Έτσι, προώθησε διαρθρωτικές αλλαγές με σκοπό τη μείωση του δημόσιου τομέα, γεγονός που προκάλεσε οξείες αντιδράσεις της αντιπολίτευσης και συνδικαλιστικών φορέων. Επίσης προσπάθησε να εφαρμόσει πρόγραμμα απορρύθμισης της οικονομίας από διοικητικούς περιορισμούς και κυβερνητικές παρεμβάσεις κάτι που οδήγησε στην απελευθέρωση του ωραρίου και της κίνησης κεφαλαίων. Επίσης, κατά τη διάρκεια της πρωθυπουργικής του θητείας υπογράφηκε η σύμβαση για το αθηναϊκό μετρό, οι συμβάσεις για την κινητή τηλεφωνία. Η απόφαση για μετοχοποίηση του ΟΤΕ καθώς και η ιδιωτικοποίηση της ΑΓΕΤ – Ηρακλής προκάλεσαν την έντονη αντίδραση της αντιπολίτευσης.
Το 1992 η κυβέρνηση σύναψε συμφωνία με τον τέως Βασιλιά Κωνσταντίνο, η οποία προέβλεπε την απόδοση στο ελληνικό κράτος του μεγαλύτερου μέρους της, επικαλούμενης, «Βασιλικής Περιουσίας». Στην εξωτερική πολιτική η αρχή της διακυβέρνησης του Κ. Μητσοτάκη συνέπεσε με την πτώση των κομμουνιστικών καθεστώτων της Ανατολικής Ευρώπης και την αρχή της διάλυσης της Γιουγκοσλαβίας.
Ο ίδιος αναλαμβάνοντας διεθνείς πρωτοβουλίες, με κορυφαία τη Διάσκεψη της Βουλιαγμένης υπό την αιγίδα του ΟΗΕ, επιχείρησε την αποτροπή της διάλυσης της ενιαίας ομοσπονδίας της Γιουγκοσλαβίας. Παράλληλα, πέτυχε την εξομάλυνση των σχέσεων Ελλάδας – ΗΠΑ. Η Κυβέρνησή του υπέγραψε το 1990 την τελική συμφωνία για τις αμερικανικές βάσεις στην Ελλάδα. Τον Ιούλιο του 1991 πραγματοποιήθηκε η πρώτη, μετά 32 χρόνια, επίσημη επίσκεψη Αμερικανού Προέδρου, του Τζορτζ Μπους, στην Ελλάδα, ενώ τον Ιούνιο του 1990, επισκέφτηκε ο ίδιος τις Ηνωμένες Πολιτείες. Επί πρωθυπουργίας του η Ελλάδα πέτυχε την είσοδό της στην Δυτικοευρωπαϊκή Ένωση, ένα ευρωπαϊκό οργανισμό συνεργασίας για την άμυνα και την ασφάλεια, ενώ τέθηκαν οι βάσεις για την ενιαία νομισματική πολιτική της Ευρωπαϊκής Ένωσης μέσω της ΟΝΕ.
Η διάλυση της Γιουγκοσλαβίας επέφερε την ανεξαρτητοποίηση της ως τότε ομόσπονδης Δημοκρατίας της Μακεδονίας, η οποία διεκδικούσε την ονομασία «Δημοκρατία της Μακεδονίας». Αρχικά το θέμα χειρίστηκε ο υπουργός Εξωτερικών Αντώνης Σαμαράς, τον οποίο απομάκρυνε ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης τον Απρίλιο του 1992, αναλαμβάνοντας ο ίδιος το Υπουργείο των Εξωτερικών. Ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης πέτυχε να πείσει την Ευρωπαϊκή Ένωση στη Σύνοδο της Λισαβόνας να υιοθετήσει πλήρως τις ελληνικές θέσεις. Οι ΗΠΑ και η Ρωσία παρά την απόφαση της Συνόδου της Λισαβόνας επέμεναν στην εξεύρεση συμβιβαστικής λύσης, αρχή της οποίας ήταν η είσοδος του κράτους αυτού στον ΟΗΕ με το προσωρινό όνομα «Πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας» (ΠΓΔΜ – FYROM).
Στις 30 Ιουνίου 1993, ο Αντώνης Σαμαράς ίδρυσε πολιτικό σχήμα με την ονομασία «Πολιτική Άνοιξη» και το Σεπτέμβριο του ιδίου έτους προέτρεψε τους προσκείμενους σε αυτόν βουλευτές της ΝΔ να ανεξαρτητοποιηθούν, προκαλώντας την πτώση της κυβέρνησης του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη με την άρση της εμπιστοσύνης των βουλευτών Ηλείας, Στέφανου Β. Στεφανόπουλου και Κιλκίς, Γιώργου Σιμπιλίδη. Σύμφωνα πάντως με τον ίδιον τον κ. Μητσοτάκη η κυβέρνηση της Ν. Δ. ανετράπη διότι αρνήθηκε να δώσει τις ψηφιακές παροχές στην κοινοπραξία Siemens – Intracom.[17][18] Μετά τις πρόωρες εκλογές του Οκτωβρίου του 1993 και την ήττα της Νέας Δημοκρατίας[19], ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης παραιτήθηκε από πρόεδρος του κόμματος. Στις 3 Νοεμβρίου του 1993 του απονεμήθηκε ο τίτλος του Επίτιμου Προέδρου της Νέας Δημοκρατίας.
Πολιτική δράση μετά το 1993
Στις 11 Ιανουαρίου 1994 η νέα κυβερνητική πλειοψηφία του ΠΑΣΟΚ προτείνει την σύσταση εξεταστικής επιτροπής για την πώληση της ΑΓΕΤ, η οποία εξελίσσεται σε προανακριτική. Το Σεπτέμβριο του ίδιου έτους παραπέμπονται στο Ανώτατο Ειδικό Δικαστήριο οι Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, Ανδρέας Ανδριανόπουλος και Ιωάννης Παλαιοκρασσάς. Στις 12 Ιανουαρίου 1994 συστήνεται, έπειτα από πρόταση του ΠΑΣΟΚ, προανακριτική για τις τηλεφωνικές υποκλοπές με κατηγορούμενους τους Κωνσταντίνο Μητσοτάκη και Ντόρα Μπακογιάννη, οι οποίοι τελικώς παραπέμφθηκαν στο Ανώτατο Ειδικό Δικαστήριο. Τον Ιανουάριο του 1995 ο Ανδρέας Παπανδρέου ζήτησε την αναστολή των διώξεων για τα πολιτικά πρόσωπα, γεγονός που επέφερε την έντονη αντίδραση του τότε αρχηγού της Νέας Δημοκρατίας, Μιλτιάδη Έβερτ καθώς κύριος κατηγορούμενος ήταν ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης. Τελικώς η βουλή, με μυστική ψηφοφορία, ψήφισε κατά της παραπομπής πολιτικών προσώπων. Κατά τον Μητσοτάκη η κίνηση αυτή έγινε γιατί η κυβέρνηση Παπανδρέου φοβήθηκε την έκβαση στο Ειδικό Δικαστήριο.
Κατά την παραμονή στην ηγεσία της ΝΔ του Μιλτιάδη Έβερτ συγκρούστηκε έντονα μαζί του. Στην αναμέτρηση για την προεδρία του Κόμματος το 1997 στήριξε την υποψηφιότητα του Γεωργίου Σουφλιά, ο οποίος όμως απέτυχε να εκλεγεί. Παράλληλα εκλεγόταν βουλευτής στο κοινοβούλιο μέχρι το 2004 οπότε και με ομιλία του στην κοινοβουλευτική επιτροπή της ΝΔ ανακοίνωσε την απόφασή του να μην είναι υποψήφιος στις επόμενες εκλογές, ο γιος του Κυριάκος Κ. Μητσοτάκης αποφάσισε να κατέλθει στις βουλευτικές εκλογές στην θέση του πατέρα του.
Από τότε παρεμβαίνει στην πολιτική ζωή με δηλώσεις και συνεντεύξεις του. Μετά την ήττα της Νέας Δημοκρατίας στις βουλευτικές εκλογές του 2009, η κόρη του, Ντόρα Μπακογιάννη έθεσε υποψηφιότητα για την ηγεσία του κόμματος χωρίς όμως επιτυχία.
Κριτική & Τιμές
Από το 1993 φέρει τον τίτλο του επίτιμου αρχηγού της Νέας Δημοκρατίας ενώ το 1986 τιμήθηκε από το Βρετανικό κοινοβούλιο για την αντιστασιακή του δράση. Τον Νοέμβριο του 1998 ίδρυσε την μη κερδοσκοπική εταιρεία «Ιστορικό Αρχείο Κωνσταντίνου Μητσοτάκη», η νομική συνέχεια της οποίας είναι το Ίδρυμα Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, το οποίο συστάθηκε με προεδρικό διάταγμα τον Απρίλιο του 2001. Στις 31 Οκτωβρίου 2005 ιδρύθηκε προς τιμήν του η έδρα ελληνικών σπουδών «Κωνσταντίνος Κ. Μητσοτάκης» στη Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Στάνφορντ των ΗΠΑ με πρωτοβουλία της οικογένειας ομογενών Τσακοπούλου – Κουναλάκη, η οποία δώρισε για τον σκοπό αυτό δύο εκατομμύρια δολλάρια. Επίσης έχει πάρει μέρος σε συνεδρίαση της Λέσχης Μπίλντεμπεργκ (1993), είναι μέλος της Αθηναϊκής Λέσχης, ιδρυτικό μέλος του εθνικού ιδρύματος ερευνών και μελετών «Ελευθέριος Κ. Βενιζέλος» και έχει τιμηθεί με τον Μεγαλοσταυρό των Κομνηνών Αυτοκρατόρων Τραπεζούντας από το ίδρυμα Παναγία Σουμελά και με το Βενιζέλειο βραβείο από την Παγκρητική Ένωση Αμερικής.
Στον Πρόεδρο κ. Κωνσταντίνο Μητσοτάκη απενεμήθη το Μάιο του 2016 η ύψιστη τιμητική διάκριση του Αλεξάνδρειου Τεχνολογικού Εκπαιδευτικού Ιδρύματος Θεσσαλονίκης, το μετάλλιο Α΄ Τάξεως «ΧΡΥΣΟΥΣ ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΣ», η οποία απονέμεται σε άτομα υψηλού διεθνούς κύρους που διακρίθηκαν για το ξεχωριστό έργο τους και την ιδιαίτερη συνεισφορά τους στην προαγωγή και προώθηση των Κοινωνικών και Εθνικών θεμάτων σε διεθνές επίπεδο, σε αναγνώριση της πολυσχιδούς παρουσίας του καθώς και του πολυτίμου και σημαντικού έργου του για τη χώρα.
Προσωπική ζωή
Υπήρξε μαζί με τη σύζυγό του, Μαρίκα, κάτοχος πλούσιας συλλογής αρχαιολογικών αντικειμένων, την οποία ξεκίνησαν το 1978. Η συλλογή περιλαμβάνει 1.062 αρχαία αντικείμενα, προερχόμενα κυρίως από την Κρήτη, που χρονολογούνται από το τέλος της 4ης χιλιετίας π.Χ. μέχρι τον 3ο αιώνα μ.Χ. ενώ μέρος της θεωρείται[23] ότι προέρχεται από λαθρανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν την περίοδο 1979 – 1980 στην περιοχή της Μονής Οδηγήτριας. Η συλλογή εκτέθηκε για πρώτη φορά στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης το 1992. Το 2000 το ζεύγος Μητσοτάκη δώρισε την συλλογή στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων, η οποία και φιλοξενείται σε αίθουσα που φέρει το όνομα του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη.
Ήταν παντρεμένος με τη Μαρίκα Γιαννούκου από το 1953 και έχουν αποκτήσει τέσσερα παιδιά:
– την Ντόρα Μπακογιάννη, χήρα του πολιτικού Παύλου Μπακογιάννη, Βουλευτή Επικρατείας της Νέας Δημοκρατίας
– την Αλεξάνδρα Μητσοτάκη, Πρόεδρο της ActionAid Hellas
– την Αικατερίνη Μητσοτάκη, Πρόεδρο του Ιδρύματος Κωνσταντίνος Κ. Μητσοτάκης
– τον Κυριάκο Μητσοτάκη, Πρόεδρο της Νέας Δημοκρατίας και Αρχηγό της Αξιωματικής Αντιπολίτευσης.