Για την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας υποστήριξε ότι «ήταν εκτός Συντάγματος. Το Σύνταγμα μιλάει για θρησκευτική συνείδηση. Η πλειοψηφία των Ελλήνων πιστεύει ότι το σχολείο δεν κατηχητικό. Το ΣτΕ το σεβόμαστε, πρέπει κι αυτό να σέβεται το Σύνταγμα όμως. Καμία απόφαση που βεβαίως οι αποφάσεις πάντοτε εφαρμόζονται, δεν είναι υπεράνω κριτικής. Δεν συνομιλεί με τον Θεό ο κύριος Σακελλαρίου, ο πρόεδρος του Συμβουλίου της Επικρατείας. Θέλουμε το μάθημα των Θρησκευτικών να έχει ένα χαρακτήρα πλουραλιστικό».

https://www.youtube.com/watch?time_continue=448&v=xk-EO5clfXc

Μιλώντας στην ΕΡΤ κληθείς να σχολιάσει τα όσα είχαν συμβεί και οδήγησαν στην αποπομπή του από τη θέση του υπουργού Παιδείας ο κ. Φίλης είπε ότι τότε «ο πρωθυπουργός έκανε την επιλογή του που υπαγόρευσε δημοσίως ο Αρχιεπίσκοπος. Η κυβέρνηση ήθελε τότε μια ηρεμία σε σχέση με την Εκκλησία. Ήταν επιλογή απάντησης στην επιθετικότητα της κυβέρνησης. Σε άλλες περιπτώσεις έχουμε το άλλοθι της Τρόικας, δεν μπορούμε να έχουμε το άλλοθι του Ιερώνυμου στην Ελλάδα» πρόσθεσε δηκτικά.