Θυσιάστηκε στα 33 του χρόνια στη μάχη του Κεφαλόβρυσου Καρπενησίου. Ηταν 9 προς 10 Αυγούστου 1823. Στις 19 του ιδίου μηνός η προσωρινή κυβέρνηση της Ελλάδος εξέδωσε θέσπισμα. Μεταξύ άλλων αυτό γράφει: «Μακαρία σκιά του αθανάτου Μάρκου Βότσαρη! …Αγαπητοί Ελληνες! Ιδού νέος Λεωνίδας στολίζει την Ιστορίαν σας. Ο πρώτος με 300 συντρόφους ηψήφησε το σύμπαν, και, αποφασίσας ν’ αποθάνη υπακούων εις τους νόμους της Σπάρτης, επέπεσε την νύκτα κατά μυριάδων εχθρών. Ο νεώτερός μας, εκ συμφώνου μετά του στρατηγού Καραϊσκάκη και οκτακοσίων ανδρείων στρατιωτών, την φιλοπατρίαν έχοντες νόμον και αποφασισμένοι να νικήσωσιν, εφώρμησαν ξιφήρεις κ’ ενίκησαν 10 χιλ. ανδρών… Εις την ένδοξον μάχην απέθανεν ο αθάνατος Στρατηγός Βότσαρης και απήλθεν εις τας αιωνίους μονάς… Αγαπητοί Ελληνες! Ιδέτε πώς ο Θεός μάς βοηθεί κατά των εχθρών της Χριστιανοσύνης! Πώς μία δραξ πατριωτών κατέστρεψε τον απειράριθμον στρατόν, πώς ο Σταυρός και η φιλοπατρία θριαμβεύουν… Μιμηθήτε τον Βότσαρην και τους συντρόφους του! Ας πολεμήσωμεν, και βεβαίως θα επιστρέψωμεν νικηταί». Υπογραφή: Πέτρος Μαυρομιχάλης, Πρόεδρος. Το θέσπισμα εξεδόθη στη Σαλαμίνα (βλ. σχ. Θωμά Γόρδωνος «Ιστορία της Ελληνικής Επαναστάσεως», μετάφραση Αλεξ. Παπαδιαμάντη, ΜΙΕΤ, Αθήνα, 2017, Τόμος Β΄, σελ. 307-308).

Ο Μάρκος Μπότσαρης ήταν γόνος της πολυμελούς σουλιώτικης οικογένειας των Μποτσαραίων. Πέμπτος γιος του Κίτσου Μπότσαρη, επιφανούς μορφής της Ηπείρου, από νεαρός πολέμησε τους Τούρκους. Τον Δεκέμβριο του 1820, επικεφαλής 300 ανδρών, επιτέθηκε εναντίον Τούρκων και Τουρκαλβανών στα βουνά της Ηπείρου. Τον Μάρτιο του 1821 ενημερώθηκε για την Επανάσταση και αρχίζει πλέον συστηματικά να πολεμά τους Τούρκους και να επιτυγχάνει νίκες: Βογόρτσα, Δερβίζιανα, Λέλοβα, Κοσμηρά, Ραψίνα, Κομπότι, Βαριάδες.

Σημαία του ήταν ο Αγιος Γεώργιος και γύρω από την εικόνα του ήσαν γραμμένα: ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ – ΠΑΤΡΙΣ – ΘΡΗΣΚΕΙΑ.

Κατά την πρώτη πολιορκία του Μεσολογγίου, το 1822, με το στρατηγικό σχέδιό του ο Μπότσαρης παραπλάνησε τους Τούρκους και αυτοί καθυστέρησαν την επίθεσή τους. Αποτέλεσμα, στο μεταξύ να ενισχυθεί σημαντικά η άμυνα της Ιεράς Πόλεως και έτσι η επίθεση να αντιμετωπιστεί με επιτυχία (βλ. σχ. Νικ. Σπηλιάδου «Απομνημονεύματα», Τυπογρ. Χ. Νικολαΐδου Φιλαδελφέως, Τόμος Α΄, Αθήνησιν, 1851, σελ. 454-455 και 482-486).

Την παραμονή της μάχης στο Καρπενήσι ο Μπότσαρης απέστειλε από το Μεσολόγγι γράμμα στον Λόρδο Βύρωνα, που τότε βρισκόταν στην Κεφαλλονιά.

Απάντησε στην επιστολή που του είχε στείλει ο Αγγλος ποιητής κατόπιν συστάσεως του μητροπολίτη Ουγγροβλαχίας Ιγνατίου. Ο Μπότσαρης, αφού εξέφρασε στον Μπάιρον τη χαρά του για την επιστολή του, τον ενημέρωσε ότι τη νύχτα θα επιχειρήσει επίθεση εναντίον εχθρικού σώματος έξι έως επτά χιλιάδων ανδρών και ότι μεθαύριο θα κινούσε για το Μεσολόγγι, να τον υποδεχθεί εκεί… Δεν πήγε ζωντανός και ο Μπάιρον μόλις έφτασε στο Μεσολόγγι επισκέφθηκε τον τάφο του και έκλαψε εκεί τον ήρωα (Παν. Κανελλόπουλου «Ιστορία του Ευρωπαϊκού Πνεύματος», Μέρος 4ο, Τεύχος Β΄, Αθήναι, 1974, σελ. 1293).

Ο εθνικός μας ποιητής Διονύσιος Σολωμός γράφει ένα «Σημείωμα του Ποιητού» για τον Μάρκο Μπότσαρη. Σε αυτό περιγράφει τη μάχη, όπως την πληροφορήθηκε. Πρώτα σημειώνει πως ο Μάρκος «γκισμένος (θιγμένος) ότι η διοίκησις διά να τον καταφρονήση ωνόμασεν έως 20 στρατηγούς εις την Δυτικήν Ελλάδα εις καιρόν οπού ήταν αυτός μοναχός, εις την παραμονήν της μάχης, όπου ήταν συμμαζωμένοι και οι άλλοι, έβγαλε το δίπλωμά του και το έσχισε, λέγοντας ότι ο Σκόντρα πασάς δίνει διπλώματα και όποιος είναι καλός αύριον το παίρνει από τον ίδιον» (Σολωμού «Απαντα», Εκδόσεις Γρηγόρη, Αθήναι, 1969, σελ. 114).

Ο Σολωμός γράφει επίσης: «Εις τες οχτώ του Αυγούστου έκαμαν συμβούλιον κι αποφάσισαν νύχτα να πέσουν ξάφνου εις το στρατόπεδον του εχθρού. Εδιωρίσθηκαν και τα πόστα του καθενός. Ο Μάρκος με το σώμα του να σταθή εις το κέντρον, οι Σοβολεκιώτες και Αγραφιώτες έχοντας αρχηγόν τον Φώτον Μπιθέφικον Σουλιώτην να σχηματίσουν την μια πτέρυγα, ο στρατηγός Γιωργάκης Κίτσος οι δύο στρατηγοί Τζαβέλλα, ο χιλίαρχος Γιάννης Τζαούσης και ο στρατηγός Γιολτάσης να σχηματίσουν την άλλην πτέρυγα και εις τες 5 ώρες της νυχτός να πέσουν όλοι επάνω εις τον εχθρόν. Εδιώρισαν και μυστικόν λόγον (Στορνάρι).

Επρόσμενεν ο Μάρκος εις τες 5 ώρες και τέταρτον και κανένας δεν εκινήθηκεν. Ετρεξε τότε ο Μπότσαρης με το σώμα του, ως 350. Ηύρε τους εχθρούς εις τον ύπνον. Μοναχός του τόσους πολλούς έσφαξεν οπού επρίσθηκε το χέρι του και εστόμωσε και το σπαθί του. Ο πόλεμος εβάσταξε πέντε ώρες (άλλοι λέγουν 3). Εβγαλαν τους εχθρούς από όλα τα ταμπούρια, μονάχα ένα βαστούσε… Αντίκρυ εις αυτό επήγεν ο ίδιος ο Μάρκος και επολεμούσε. Δυο-τρεις εσκοτώθηκαν εις το πλάγι του, επληγώθη και αυτός εις την μέσην ελαφρά και διά να μη προξενήση δειλίαν εις τους συντρόφους του επολεμούσε και πληγωμένος όντας. Οι άλλοι δεν ακολούθησαν κατά το σχέδιόν τους, μοναχοί οι Τζαβελλάδες με το μικρόν σώμα τους έτρεξαν και ο Γιάννης Τζαούσης. Από το ταμπούρι οπού βαστούσεν ακόμη μία μπάλα τουφεκιού εκτύπησε τον στρατηγόν εις το μέτωπον, και έπεσεν εις τον τόπον… Εσκοτώθηκαν έως 800 Τούρκοι… Δεκατρείς εσκοτώθηκαν από το σώμα του Μάρκου και πληγωμένοι 27… Το σώμα του Μάρκου εφέρθηκεν εις το Μισολόγγι όλον καταματωμένον… Το λείψανόν του ενεταφιάστηκεν εις την εκκλησίαν της Παναγίας…» (Αυτ. σελ. 112-113).

Πηγαίνοντας στη μάχη ο Μπότσαρης πέρασε από το μοναστήρι της Παναγίας της Προυσιώτισσας. Μπήκε στο Καθολικό της μονής, προσκύνησε τη θαυματουργή εικόνα και βγαίνοντας τράβηξε το πουγγί του και το έδωσε σε έναν καλόγερο που ήταν εκεί: «Πάρτο», του είπε, «να τα μοιράσεις για την ψυχή του Μάρκου Μπότσαρη». Ο καλόγερος, που δεν είχε δει ποτέ τον Μπότσαρη, τον ρώτησε παραξενεμένος: «Τι; Πέθανε ο Μάρκος;» και ο Μπότσαρης του απάντησε: «Οχι, αλλά πηγαίνει για να πεθάνει» (από το φυλλάδιο της Ι.Α. Αθηνών «Μορφές και Γεγονότα του ’21», Κείμενο Σοφοκλή Γ. Δημητρακόπουλου, Ενθετο στο περιοδικό «Τόλμη», Μάρτιος 2006, σελ. 9).

Ο Μπότσαρης ενέπνευσε λογοτέχνες, όπως τους Σολωμό, Παλαμά, Βαλαωρίτη, Ι. Ζαμπέλιο, Α. Σούτσο, Ολιβιέ, Χάλικ, καλλιτέχνες όπως τους ζωγράφους Ντελακρουά, Μασίλι, Ιατρίδη, Θεόφιλο και τον Ζακύνθιο μουσουργό Παύλο Καρέρ, που συνέθεσε την εξαιρετική όπερά του «Μάρκος Μπότσαρης». Τον Μπότσαρη απαθανάτισε και η δημοτική μούσα, που εκφράζει το πένθος των Ελλήνων για το θάνατό του: «Τ’ είναι τούτα τα κλάματα κι αυτά τα μοιρολόγια; Κύριέ μου, τι να γίνηκε στο δόλιο Μισολόγγι; Τούτα τα κλάματα ρωτάς, κι αυτά τα μοιρολόγια; Γι’ αυτόν τον Μάρκο γένονται, τον ελευθερωτή μας. Οσοι Ρωμαίοι κι αν τόμαθαν, κι όσοι αφουγκρασθήκαν, όλοι στα μαύρα εμπήκανε, τα μελανά εφορέσαν…».