Η ιστορία του κτιρίου αυτού, που αποτελεί ένα από τα καλύτερα δείγματα νεοκλασικής αρχιτεκτονικής, αρχίζει από το 1897 και τελειώνει άδοξα το 2013, όταν εγκαταλείφθηκε, εν μέσω κρίσης, από το ελληνικό δημόσιο, ενώ στα 122 χρόνια της ιστορίας του, παρέμεινε κλειστό άλλες δύο σημαδιακές για τη χώρα περιόδους: Με την έναρξη του Πολέμου του ’40 και στον Εμφύλιο.

Σύμφωνα με ειδικά και ιστορικά περιοδικά, το κτίριο σχεδιάστηκε από τον Γερμανό αρχιτέκτονα, Γουλιέλμο Δαίρπφελδ, ο οποίος είχε οραματιστεί τη λειτουργία Γερμανικής Σχολής στην Αθήνα και είχε προτείνει, από το 1895, την ανέγερση ενός κτιρίου για τον σκοπό αυτό.

Αγοράστηκε τότε ολόκληρο το οικοδομικό τετράγωνο, που περικλείεται από τους δρόμους Πρασσά, Αραχώβης (νυν Μερλιέ), Ασκληπιού και Βαλτετσίου και το 1897 άρχισε η ανέγερση.

Το 1898 έγιναν τα εγκαίνια του πρώτου κτιρίου, που στέγασε τη Γερμανική Σχολή, ενώ την διετία 1928- 1929, δίπλα στο παλιό κτίριο έγινε η ανέγερση του νέου κτιρίου.

Το 1940, με την έναρξη του του πολέμου, σταμάτησε η λειτουργία της Γερμανικής Σχολής, για να επαναλειτουργήσει αμέσως μετά την κατάληψη της Αθήνας από τα γερμανικά στρατεύματα.

Το καλοκαίρι του 1941, οι Γερμανοί πρόσθεσαν έναν ακόμα όροφο στο παλιό κτίριο.

Το 1944, μετά την απελευθέρωση, η Γερμανική Σχολή σταμάτησε και πάλι να λειτουργεί.

Το 1947, εγκαταστάθηκε στο κτίριο το Ινστιτούτο Νοσημάτων Θώρακος, που ηγήθηκε του αντιφυματικού αγώνα και παρέμεινε μέχρι το 1969.

Σημειώνεται ότι το 1956 επαναλειτούργησε η Γερμανική Σχολή, αλλά ποτέ πάλι στο συγκεκριμένο συγκρότημα, καθώς το ελληνικό δημόσιο εξέφρασε την επιθυμία του να το αγοράσει και μετά από συνεννόηση με την γερμανική κυβέρνηση παραχώρησε ως αντάλλαγμα το κτίριο της οδού Πατησιών 196 και Κύπρου.

Το 1970, στο συγκρότημα εγκαταστάθηκε και λειτούργησε το Βαρβάκειο, μέχρι το 1983, οπότε και μεταφέρθηκε στο Ψυχικό.

Στο ιστορικό κτίριο, ωστόσο εγκαταστάθηκε το 5ο Γυμνάσιο- Λύκειο, το οποίο αργότερα ενσωματώθηκε με το 46ο Λύκειο, (πρώην 29ο Εξαρχείων).

Το 2013, όμως, με την συγχώνευση των σχολείων, το κτίριο εγκαταλείφθηκε.

Ένα χρόνο αργότερα, το 2014, σύμφωνα με την Αστυνομία, καταφεύγουν εκεί οι πρώτοι αλλοδαποί, που έχουν φτάσει στην Ελλάδα, ενώ από το 2016, με την έκρηξη του προσφυγικού, η κατάληψη γίνεται πια μόνιμη και μεθοδευμένη, μέχρι σήμερα, που απομακρύνθηκαν μετά από αστυνομική επιχείρηση, οι αλλοδαποί με τις οικογένειες τους που διέμεναν εκεί.