Ηγείται τον όμιλο ΣΚΑΪ με έδρα το Παλαιό Φάληρο και εκτός από τον ομώνυμο τηλεοπτικό σταθμό έχει στην κατοχή του τρία ραδιόφωνα (ΣΚΑΪ 100,3, Μελωδία 99,2 και Σπορ FM 94,6).
Από το 2012 έχει μπει ενεργά και στο χώρο του ποδοσφαίρου. Αρχικά το 2012 με άλλους παράγοντες ίδρυσε την Παναθηναϊκή συμμαχία η οποία και πήρε το πλειοψηφικό πακέτο της «πράσινης» ΠΑΕ. Από τον 2012 ανέλαβε πρόεδρος της ΠΑΕ Παναθηναϊκός ένα πόστο που κρατά μέχρι και σήμερα…
Ο Γιάννης Αλαφούζος έχει κομβικό ρόλο στην επιχειρηματική δράση της οικογενείας του, έχοντας χτίσει ισχυρούς δεσμούς με τις αγορές της Άπω Ανατολής. Η οικογένεια Αλαφούζου διαθέτει έξι ναυτιλιακές εταιρίες, (τη μητρική «ΑΡΓΟΝΑΥΤΗΣ» και τη διαχειρίστριά της “Kyklades Maritime Corporation”, τις θυγατρικές της “Sea Shell Enterprises Ltd”, “Sea Pearl Enterprises Ltd”, “Zenith Maritime” και “Corporation Bigal Shipping Corporation”), όπως και την κατασκευαστική εταιρία «ΕΡΓΑΣ».