Στις 23 Ιουνίου του 1996 άφησε την τελευταία του πνοή ένας από τους μεγαλύτερους Έλληνες πολιτικούς του περασμένου αιώνα. Τρεις μέρες αργότερα κηδεύτηκε στο Α’ Νεκροταφείο Αθηνών με τιμές εν ενεργεία αρχηγού κράτους. Οι κεντρικοί δρόμοι είχαν κλείσει από νωρίς, στρατιωτικά αγήματα ήταν παραταγμένα έξω από τη Μητρόπολη Αθηνών, ενώ χιλιάδες πολίτες από νωρίς το μεσημέρι εκείνης της ημέρας βρίσκονταν σε κάθε γωνιά της πομπής προκειμένου να αποχαιρετήσουν τον ηγέτης της «Αλλαγής».

Δώδεκα επικήδειοι λόγοι εκφωνήθηκαν, ενώ πλήθος διεθνών πολιτικών προσωπικοτήτων παρέστησαν στην εξόδιο ακολουθία, όπως ο υπουργός Οικονομικών των ΗΠΑ Ρόμπερτ Ρούμπιν, ο πρόεδρος του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου Κλάους Χενς, ο Πρόεδρος της Γιουγκοσλαβίας Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς και ο πρωθυπουργός της Ολλανδίας Βιμ Κοκ. Ιστορική έχει μείνει η ομιλία του γιου του, Γιώργου Παπανδρέου, με τη φράση «πατέρα, άκουσες τα νέα;» να ορίζει το τέλος μιας εποχής.

Στις 21 Ιουνίου του 1995, θα εισαχθεί στο Ωνάσειο Καρδιοχειρουργικό Κέντρο εσπευσμένα. Οι πιέσεις που του ασκούνται, τον αναγκάζουν τον Ιανουάριο του 1996 να υπογράψει την παραίτησή του, δηλώνοντας πως τα «τα προβλήματα της χώρας δεν μπορούν να περιμένουν».

Στις 23 Ιουνίου 1996 ο Ανδρέας Παπανδρέου πεθαίνει μετά από οξύ ισχαιμικό επεισόδιο στο σπίτι του στην Εκάλη. Κηδεύεται στις 26 Ιουνίου 1996 στο Α΄ Νεκροταφείο Αθηνών με τιμές αρχηγού κράτους. Ο θάνατός του προκάλεσε κύμα συγκίνησης σε όλη τη χώρα.