Η δικογραφία διαβιβάστηκε σε τακτικό ανακριτή, ο οποίος αναμένεται να μελετήσει τα στοιχεία της δικογραφίας και να καλέσει τον κατηγορούμενο σε απολογία το επόμενο χρονικό διάστημα.
Η πλευρά του πατρός Αντωνίου, μέχρι στιγμής, έχει αρνηθεί τις κατηγορίες, με τους συνηγόρους του να κρατάνε κλειστά τα χαρτιά τους, αποφεύγοντας τις δημόσιες τοποθετήσεις. Πληροφορίες από το υπόμνημα, με το οποίο ο επικεφαλής της «Κιβωτού» είχε δώσει εξηγήσεις ως ύποπτος, ανέφεραν πως σε αυτό είχε διαψεύσει τους δύο καταγγέλλοντες, αποδίδοντας τις αναφορές τους σε ιδιοτέλεια κίνητρα. Επίσης, αναφερόταν σε περιστατικά αντιθέτως καταγγελιών από φιλοξενουμένους της δομής, που ισχυρίστηκαν πως δέχθηκαν επιθέσεις και απειλές, επειδή υποστήριξαν τον πατέρα Αντώνιο.
Στον κατηγορούμενο ασκήθηκε επίσης δίωξη σε βαθμό πλημμελήματος για ηθική αυτουργία σε σωματικές βλάβες που φέρονται να υπέστησαν παιδιά που διέμεναν στις δομές της κιβωτού.
Μετά από καταγγελίες που έγιναν στο πλαίσιο της έρευνας που διεξήγαγε η Εισαγγελία Ανηλίκων, ποινική δίωξη ασκήθηκε κατά επτά ακόμη ατόμων, όλοι τους πρώην εργαζόμενοι στην οργάνωση. Η δίωξη αφορά στα αδικήματα της βαριάς σωματικής βλάβης, της απειλής και της έκθεσης ανηλίκου σε κίνδυνο, κατά περίπτωση.
Το σκέλος της υπόθεσης που αφορά στις σωματικές βλάβες διαχωρίστηκε, αφού κάποιες από τις καταγγελίες απειλούνται με παραγραφή. Ετσι, για τις πλημμεληματικές κατηγορίες η δικογραφία διαχωρίστηκε και το Τριμελές Πλημμελειοδικείο Αθηνών αναμένεται να στείλει άμεσα κλήση στους οκτώ συνολικά κατηγορουμένους, προκειμένου να καθίσουν στο εδώλιο.
Τέλος, από την ίδια έρευνα προέκυψαν ενδείξεις και άλλων αξιόποινων πράξεων, από άλλα πρόσωπα, για τα οποία η δικογραφία επίσης διαχωρίστηκε και διαβιβάστηκε στις Εισαγγελίες Πρωτοδικών Πειραιά και Χίου, αφού οι φερόμενες πράξεις αφορούν την περιοχή της δικής τους αρμοδιότητας.