Ύστερα από πολυήμερη ακροαματική διαδικασία, το Μικτό Ορκωτό Εφετείο (ΜΟΕ) Θεσσαλονίκης, όπου δικάστηκε η υπόθεση σε δεύτερο βαθμό, έκρινε ένοχους τους κατηγορούμενους για πρόκληση βασανιστηρίων με σωματικές βλάβες, σε βαθμό κακουργήματος (στην απλή μορφή της πράξης). Πρωτόδικα είχαν καταδικαστεί για τέλεση διακεκριμένων βασανιστηρίων, πάλι σε βαθμό κακουργήματος, με την επιβαρυντική όμως περίσταση στην τέλεση της πράξης.

Υπό αυτές τις συνθήκες και σε συνδυασμό με την αναγνώριση δεύτερου ελαφρυντικού, αυτό της μεταγενέστερης καλής συμπεριφοράς (τούς είχε αναγνωριστεί από το πρωτόδικο δικαστήριο ο πρότερος έντιμος βίος), οι ποινές κάθειρξης των 5 έως 7 ετών, μετατράπηκαν σε ποινές φυλάκισης 3, 4 και 5 ετών, ανάλογα με το βαθμό συμμετοχής του καθένα. Το δικαστήριο ανέστειλε την εκτέλεση των ποινών για τρία χρόνια (σε όσους καταδικάστηκαν με ποινές 4 και 5 ετών υπό τον όρο ότι θα παρακολουθούνται από επιμελητή ή κοινωνικό λειτουργού).

Με την ίδια απόφαση αθωώθηκε, λόγω αμφιβολιών, ο 13ος κατηγορούμενος (εξωτερικός φρουρός), ο οποίος είχε τιμωρηθεί πρωτόδικα σε φυλάκιση 3 ετών (με αναστολή) για προσβολή αξιοπρέπειας.

Σύμφωνα με το κατηγορητήριο, οι κατηγορούμενοι σωφρονιστικοί υπάλληλοι της Νιγρίτας προέβησαν στην πράξη τους για να «τιμωρήσουν» τον 42χρονο βαρυποινίτη, επειδή είχε δολοφονήσει τον συνάδελφό τους Γιώργο Τσιρώνη, στις φυλακές Μαλανδρίνου. Ήδη, από το πρωτόδικο δικαστήριο, ο θάνατός του είχε αποσυνδεθεί από τα βασανιστήρια και αποδόθηκε σε καρδιακό επεισόδιο, η έναρξη του οποίου τοποθετήθηκε χρονικά πριν από την άφιξή του στις φυλακές Νιγρίτας.

«Υπέβαλαν εσκεμμένα τον κρατούμενο σε βασανιστήρια με σκοπό να τον τιμωρήσουν για τη δολοφονία του συναδέλφου τους. Ενώ ήταν καταπονημένος και ήδη δεμένος πισθάγκωνα, τον χτυπούσαν με λακτίσματα και γροθιές, ενώ κάποιοι χρησιμοποίησαν και αυτοσχέδιο βούρδουλα. Ο κρατούμενος δύο ώρες μετά τον ξυλοδαρμό κυριολεκτικά σερνόταν», ανέφερε στην αγόρευσή του ο εισαγγελέας του ΜΟΕ, ζητώντας την καταδίκη των 12 κατηγορουμένων, πρόταση η οποία έγινε αποδεκτή.