Η δίωξη που ασκήθηκε στους 13, μεταξύ των οποίων 5 αλλοδαποί και 3 ανήλικοι, αφορούν τις κατηγορίες σε βαθμό κακουργήματος της έκρηξης από την οποία θα μπορούσε να προκληθεί κίνδυνος για την ανθρώπινη ζωή και κίνδυνος σε ξένα πράγματα και της προμήθειας και κατασκευής εκρηκτικών βομβών με σκοπό την χρήση τους, από την οποία θα μπορούσε να προκύψει κίνδυνος για την ανθρώπινη ζωή.

Οι κατηγορίες σε βαθμό πλημμελήματος που περιλαμβάνονται στην δικογραφία αφορούν αδικήματα όπως διατάραξη κοινής ειρήνης, διακεκριμένη περίπτωση φθοράς, για τις ζημιές στο Πολυτεχνείο, επικίνδυνη σωματική βλάβη σε βάρος αστυνομικού, παρακώλυση συγκοινωνιών, επικίνδυνες σωματικές βλάβες, παράνομη οπλοφορία οπλοχρησία, παράνομη κατοχή και χρήση κροτίδων και φωτοβολίδων.

Όλοι οι κατηγορούμενοι παραπέμφθηκαν να απολογηθούν σε τακτικό ανακριτή και σύμφωνα με πληροφορίες πλην ενός, αρνούνται ότι σχετίζονται με τα επεισόδια. Ένας από τους συλληφθέντες φέρεται να παραδέχθηκε πως συμμετείχε σε επεισόδια και να έχει ζητήσει συγγνώμη. Μία από τους ανήλικους κατηγορούμενους υποστηρίζει πως συνελήφθη γιατί βρέθηκε απλώς στην ευρύτερη περιοχή, ενώ από τους πέντε αλλοδαπούς οι τρεις είναι Σύριοι που έχουν από το καλοκαίρι δελτίο αιτούντος διεθνούς προστασίας. Οι τρεις πρόσφυγες δηλώνουν ότι συνελήφθησαν όντας διερχόμενοι από το σημείο με σκοπό να φτάσουν σε σχολείο που πηγαίνουν στην οδό Αχαρνών.