Το βούλευμα, κάνοντας δεκτή ανάλογη πρόταση του εισαγγελέα εφετών, Παν. Παναγιωτόπουλου, διατάσσει την παραπομπή σε δίκη του άλλοτε στενού συνεργάτη του μακαριστού Χριστόδουλου και διαχειριστή της ΜΚΟ, Δημήτρη Φουρλεμάδη, της πρώην επιτρόπου του Ελεγκτικού Συνεδρίου, Γεωργίας Λυμπέρη και των πρώην Εκκλησιαστικών Οικονομικών Επιθεωρητών της Εκκλησίας της Ελλάδος, Ιωάννη Πέτσου και Θεολόγου Μακρή, στους οποίους αποδίδονται, κατά περίσταση, τα αδικήματα της υπεξαίρεσης, με την επιβαρυντική περίσταση του νόμου περί καταχραστών του Δημοσίου (1608/50), της συνέργειας σε αυτή, της απιστίας και της ψευδούς βεβαίωσης.

Αντικείμενο της υπόθεσης, είναι ποσό 5,6 εκατομμυρίων ευρώ που έλαβε η ΜΚΟ την επίδικη περίοδο από το υπουργείο Εξωτερικών, για συγκεκριμένες δράσεις, με κυρίαρχη την αποστολή επισιτιστικής βοήθειας στο Ιράκ, οι οποίες ωστόσο, κατά την δικογραφία, είτε δεν πραγματοποιήθηκαν καθόλου, είτε παρέμειναν ανολοκλήρωτες.
Σύμφωνα με το βούλευμα, η ΜΚΟ έλαβε ποσό 5,6 εκατομμυρίων ευρώ, ως προκαταβολή του ποσού των 7 εκατομμυρίων ευρώ, για την αποστολή έκτακτης επισιτιστικής βοήθειας στο Ιράκ. Η αποστολή αφορούσε την διανομή 2.650.000 κιλών κατεψυγμένων κοτόπουλων και η διάρκεια υλοποίησης του έργου συμφωνήθηκε σε έξι μήνες, από τον Σεπτέμβριο του 2006 έως και τον Μάρτιο του 2007.

Στους κατηγορουμένους καταλογίζεται ότι τελικώς, από την ΜΚΟ αγοράστηκαν μόνο 371.093 κιλά κατεψυγμένων πουλερικών, τα οποία αποθηκεύτηκαν σε ψυγεία στον Ρέντη, αλλά κατόπιν ελέγχου από την Κτηνιατρική Υπηρεσία του Πειραιά, ολόκληρη η ποσότητα κρίθηκε «ακατάλληλη για κατανάλωση και βρώση». Όπως αναφέρεται στην δικογραφία, η αρμόδια υπηρεσία του ΥΠΕΞ προχώρησε σε καταγγελία της σύμβασης με την ΜΚΟ, τον Ιούνιο του 2007, ζητώντας την επιστροφή εντός 30 ημερών και εντόκως, του ποσού των 5,6 εκατ. ευρώ. Η ΜΚΟ φαίνεται να επέστρεψε μόνο 500.000 ευρώ, ενώ για το υπόλοιπο ποσό οι δικαστικές αρχές δέχονται πως «ενσωματώθηκε παρανόμως» στην περιουσία του κ. Φουρλεμάδη, που είχε, σύμφωνα με την εισαγγελική πρόταση, τον απόλυτο έλεγχο των οικονομικών της «Αλληλεγγύης».

Στην δικογραφία για την υπόθεση της ΜΚΟ, περιέχονται και άλλα, πολύ μικρότερα, ποσά χρηματοδοτήσεων, για έργα που δεν υλοποιήθηκαν στο σύνολό τους, όπως ήταν κατασκευή Μουσείου εντός του Πατριαρχικού Οίκου του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας, η κατασκευή σχολής επαγγελματικής κατάρτισης δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης στην Β. Σουμάτρα της Ινδονησίας και η υποστήριξη κακοποιημένων γυναικών στη Ρουμανία.

Στην πρόταση του κ. Παναγιωτόπουλου, που υιοθετήθηκε από το Συμβούλιο Εφετών, αναφερόταν ότι η κατηγορουμένη, πρώην επίτροπος του Ελεγκτικού Συνεδρίου «εκ της θέσεώς της βοήθησε και διευκόλυνε τον συγκατηγορούμενό της Δ. Φουρλεμάδη στην υπεξαίρεση των 5,6 εκατ. ευρώ», ενώ οι δύο συγκατηγορούμενοί τους, «βεβαίωσαν ψευδώς -όταν έλαβαν εντολή ελέγχου από τον Διευθυντή της Γενικής Εκκλησιαστικής Οικονομικής Επιθεωρήσεως- πως το ποσό των 5,6 εκατ. ευρώ παραμένει στον λογαριασμό της ΜΚΟ» ενώ αυτά «είχαν εξαφανιστεί».