Επί της ουσίας, με την απόφαση του το ΣτΕ παγώνει τη διαδικασία υποβολής των ηλεκτρονικών δηλώσεων αφού έκρινε παράνομη την υπουργική απόφαση και πολλές διατάξεις της αντισυνταγματικές.

Στο ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο είχαν προσφύγει όλες οι δικαστικές Ενώσεις ζητώντας να ακυρωθεί η υπουργική απόφαση. Η Ολομέλεια του ΣτΕ με πρόεδρο τον Νικόλαο Σακελλαρίου και εισηγητή τον σύμβουλο Επικρατείας Δημήτρη Σκαλτσούνη, έκανε δεκτή την προσφυγή των δικαστικών Ενώσεων κρίνοντας ότι η επίμαχη υπουργική απόφασης είναι παράνομη καθώς δεν δημοσιεύθηκαν στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως οι παραμετρικές τιμές και οι οδηγίες συμπλήρωσης πεδίων των Δ.Π.Κ. και Δ.Ο.Σ. που περιλαμβάνονται στην ηλεκτρονική εφαρμογή «πόθεν έσχες», με αποτέλεσμα να καθίσταται ανέφικτος ο έλεγχος νομιμότητας των ουσιωδών αυτών στοιχείων της κανονιστικής ρύθμισης.

Το ΣτΕ εξέδωσε την υπ’ αριθμ. 2649/2017 απόφαση, δίνοντας μία «μέση» λύση, αποδεχόμενο τόσο θέσεις της κυβέρνησης όσο και των δικαστικών λειτουργών.

Συγκεκριμένα, γίνονται εν μέρει δεκτές προσφυγές των δικαστικών ενώσεων, που είχαν προσφύγει, και ακυρώνουν τυπικά την υπουργική απόφαση. Στα βασικά σημεία που στέκεται το ανώτατο δικαστήριο -η απόφαση δεν έχει καθαρογραφεί ακόμη- είναι τα εξής:

• η ηλεκτρονική υποβολή η οποία αφορά σε όλους τους υπόχρεους, όχι μόνο τους δικαστικούς λειτουργούς, είναι συνταγματική, καθώς «η Διοίκηση έχει λάβει ικανά μέτρα προκειμένου να ελαχιστοποιήσει τους κινδύνους επέμβασης τρίτων σε αυτό και διαρροής των δεδομένων». Παράλληλα, όπως αναφέρεται, Θα πρέπει να αναδιαμορφωθεί η διαδικτυακή εφαρμογή,  ώστε να «μην καθίσταται αδύνατη ή ιδιαιτέρως δυσχερής η υποβολή δήλωσης μέσω της χρήσης του ηλεκτρονικού συστήματος από τον μέσο χρήστη».
• η υποχρέωση να δηλώνονται τα ποσά πάνω από 15.000 που βρίσκονται εκτός τράπεζας καθώς και τα κινητά περιουσιακά στοιχεία των οποίων η αξία υπερβαίνει τα 30.000 ευρώ, κρίνεται αντισυνταγματική για όλους τους υπόχρεους
• η παράλειψη της υπουργικής απόφασης να προβλέψει εύλογο  χρονικό περιορισμό (που δεν μπορεί να υπερβεί την πενταετία) για τη διενέργεια και ολοκλήρωση του ελέγχου, καθώς και για τη διατήρηση των προσωπικών δεδομένων των υπόχρεων αντίκεινται στην κατοχυρωμένη συνταγματικώς αρχή της ασφάλειας του δικαίου και στη δυνατότητα διατήρησης των προσωπικών δεδομένων μόνο για όσο χρονικό διάστημα είναι απαραίτητο για τις ανάγκες της επεξεργασίας.
• θα υπάρξει για τους δικαστές και τους συζύγους τους ένα 15μελές όργανο, το οποίο θα κάνει τον έλεγχο των δηλώσεων. Αυτό θα πρέπει να συγκροτείται «τουλάχιστον κατά πλειοψηφία, συμπεριλαμβανομένου του Προέδρου του, από ανώτατους τακτικούς δικαστές, μέλη των τριών Ανωτάτων Δικαστηρίων»
• μετά την πρώτη δήλωση, στις επόμενες περιλαμβάνονται μόνο τα περιουσιακά στοιχεία, στα οποία επήλθε κάποια μεταβολή
• δεκτός γίνεται μόνο ο δειγματοληπτικός έλεγχος και όχι η καθιέρωση του υποχρεωτικού ελέγχου.