Σύμφωνα με πηγές από το Βατικανό, ο Πάπας ξύπνησε στις 6 το πρωί της Δευτέρας και ήταν καλά για τουλάχιστον μία ώρα. Γύρω στις 7 το πρωί, η ιατρική μονάδα του Βατικανού δέχθηκε επείγον τηλεφώνημα από το διαμέρισμά του στην Casa Santa Marta. Η κατάστασή του επιδεινώθηκε ραγδαία, με αποτέλεσμα να χρειαστεί άμεση μεταφορά στο νοσοκομείο Gemelli. Ωστόσο, λόγω της ταχείας επιδείνωσης, η μεταφορά ακυρώθηκε πριν τις 7:35 π.μ. Ο Πάπας πέθανε λίγο περισσότερο από μισή ώρα μετά την εμφάνιση των πρώτων συμπτωμάτων .​
Η σορός του Πάπα εκτίθεται σε λαϊκό προσκύνημα στη Βασιλική του Αγίου Πέτρου από την Τετάρτη έως την Παρασκευή. Η κηδεία θα πραγματοποιηθεί το Σάββατο στην πλατεία του Αγίου Πέτρου, με επικεφαλής τον Καρδινάλιο Τζιοβάνι Μπατίστα Ρέ. Η ταφή θα γίνει στη Βασιλική της Αγίας Μαρίας Μεγαλόπολης, σύμφωνα με την επιθυμία του Πάπα .​

Τα τελευταία λόγια του Πάπα Φραγκίσκου ήταν «ευχαριστώ», τα οποία απηύθυνε στον μακροχρόνιο νοσοκόμο του, Μασιμιλιάνο Στραπέτι. Παρά τα προβλήματα υγείας του, παρέμεινε ενεργός έως την τελευταία στιγμή, κάνοντας την τελευταία του δημόσια εμφάνιση την Κυριακή του Πάσχα στην πλατεία του Αγίου Πέτρου .​

Αυτή τη στιγμή, η σορός του εκτίθεται σε ιδιωτικό προσκύνημα στο Domus Santa Marta, για τους κατοίκους του Βατικανού και την παπική αυλή.

Ο Φραγκίσκος θα ταφεί το Σάββατο, όπως ανακοίνωσε το Βατικανό την Τρίτη, αφού πρώτα τεθεί σε λαϊκό προσκύνημα για τρεις ημέρες στη Βασιλική του Αγίου Πέτρου, όπου αναμένεται να συρρεύσουν οι πιστοί για να αποτίσουν φόρο τιμής.

Η κηδεία θα πραγματοποιηθεί στην πλατεία μπροστά από τη Βασιλική του Αγίου Πέτρου και θα ξεκινήσει με πομπή που θα προηγείται ιερέας κρατώντας έναν σταυρό, ακολουθούμενος από το φέρετρο και τα μέλη του κλήρου.

Ο Πάπας Φραγκίσκος θα ταφεί το επόμενο Σάββατο.

Ο Καρδινάλιος Τζοβάνι Μπατίστα Ρε, κοσμήτορας του Κολλεγίου των Καρδιναλίων, θα προΐσταται της τελετής. Θα ακολουθήσουν εννέα ημέρες πένθους.

Σε αντίθεση με τους προκατόχους του, ο Φραγκίσκος θα ταφεί στη Βασιλική της Αγίας Μαρίας Μεγάλης, σύμφωνα με τις επιθυμίες του, που ανακοινώθηκαν τη Δευτέρα.

Η βασιλική είναι αφιερωμένη στη Μαρία, τη Μητέρα του Ιησού, και ήταν ο τόπος στον οποίο ο Φραγκίσκος συνήθιζε να προσεύχεται πριν και μετά από κάθε ταξίδι του στο εξωτερικό.

Θα είναι ο πρώτος Πάπας που θα ταφεί εκτός Βατικανού εδώ και πάνω από έναν αιώνα.

Σε μια ακόμη απόκλιση από την παράδοση, θα ταφεί σε ένα απλό ξύλινο φέρετρο, απορρίπτοντας την παλαιότατη πρακτική της ταφής σε τρία διαδοχικά φέρετρα από κυπαρίσσι, μόλυβδο και δρυ.

Ο Πρίγκιπας Ουίλιαμ θα παραστεί στην κηδεία εκ μέρους του Βασιλιά Καρόλου, σύμφωνα με το Παλάτι του Κένσινγκτον.

Οι καρδινάλιοι θα συγκεντρωθούν σε κονκλάβιο για να επιλέξουν τον διάδοχό του στη συνέχεια.