Τις κυρώσεις σε βάρος της Ρωσίας είχε ανακοινώσει τον περασμένο Δεκέμβριο ο τότε πρόεδρος των ΗΠΑ Μπαράκ Ομπάμα. Τότε είχε αποφασιστεί η απομάκρυνση 35 Ρώσων πρακτόρων ως απάντηση στη ρωσική εμπλοκή στις αμερικανικές εκλογές του περασμένου Νοεμβρίου που κατέληξαν με νίκη του Τραμπ.

Ο Φλιν αρχικά αρνήθηκε ότι είχε τέτοιου είδους συζήτηση στη συνομιλία του με τον Ρώσο πρεσβευτή Σεργκέι Κίσλιακ. Όπως είπε η συζήτηση αφορούσε τον προγραμματισμό μιας τηλεφωνικής επικονιωνίας ανάμεσα στον Ντόναλντ Τραμπ και τον Βλαντιμίρ Πούτιν προκειμένου ο σημερινός πρόεδρος των ΗΠΑ να συλληπηθεί τον Ρώσο πρόεδρο για τη δολοφονία του Ρώσου πρεσβευτή στην Τουρκία.

Σύμφωνα με τη Washingont Post αξιωματούχοι του υπουργείου Δικαιοσύνης είχαν προειδοποιήσει την κυβέρνηση ότι ο Φλιν μπορεί να ήταν επιρρεπής σε ρωσική επιρροή με τους New York Times να προσθέτουν ότι ο στρατός είχε ερευνήσει το ενδεχόμενο ο Φλίν το 2015 να είχε λάβει χρήματα από τη ρωσική κυβέρνηση.

Τα καθήκοντα του συμβούλου εθνικής ασφαλείας ανατέθηκαν προσωρινά, σύμφωνα με το CNN, στον στρατηγό Τζόζεφ Κιθ Κέλογκ.

Στην επιστολή της παραίτησής του, ο πρώην Σύμβουλος Εθνικής Ασφάλειας των ΗΠΑ, Μάικλ Φλιν αναφέρει ότι υπό την ταχύτητα εξέλιξης των γεγονότων, ενημέρωσε χωρίς να είχε πραγματική πρόθεση, με μη ολοκληρωμένη πληροφόρηση τον αντιπρόεδρο Μάικ Πενς, σχετικά με τις επαφές που είχε με τη Ρωσία.