Συνεχίζοντας από το 1978 το έργο του πατέρα του Γιάννη, ο οποίος δούλεψε στα ειδικά εφέ σε κινηματογραφικές ταινίες από τη δεκαετία του ’50, ο Μιχάλης Σαμιώτης συνεργάστηκε με τον Θόδωρο Αγγελόπουλο σχεδόν σε όλες του τις ταινίες, τον Νίκο Νικολαΐδη, τον Γιώργο Πανουσόπουλο, τον Γιάννη Οικονομίδη, τον Γιώργο Λάνθιμο και πολλούς άλλους, ενώ εργάστηκε και σε θεατρικές παραστάσεις των Κάρολου Κουν, Μιχάλη Κακογιάννη, Μίνωα Βολανάκη, Ανδρέα Βουτσινά κ.ά.

Οσον αφορά στις ξένες παραγωγές, ο Μιχάλης Σαμιώτης έκανε ειδικά εφέ σε ταινίες των Τζεφιρέλι, Πολ Μαζέρσκι, Τζον Μάντεν και για γνωστές τηλεοπτικές σειρές (Little drummer girl, The Durrells κ.ά.). Συνεργάστηκε επίσης με το Φεστιβάλ Αθηνών, τη Λυρική Σκηνή, το Μέγαρο Μουσικής, το ΚΘΒΕ κ.ά. ενώ συμμετείχε και στην τελετή λήξης των Ολυμπιακών Αγώνων 2004. Είχε τιμηθεί με Κρατικό βραβείο για τα εφέ του στην ταινία του Τάκη Σπυριδάκη «Ο κήπος του Θεού» και το βραβείο της Ακαδημίας Ελληνικού Κινηματογράφου για τα εφέ της ταινίας του Αλέξη Αλεξίου «Τετάρτη 04:45».